呼腸孤病毒刺激下草魚(yú)脾臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析.pdf

1、分類號(hào)：密級(jí)：公開(kāi)UDC：學(xué)號(hào)：407332414004南昌大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文呼腸孤病毒刺激下草魚(yú)脾臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析呼腸孤病毒刺激下草魚(yú)脾臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析TranomeDataAnalysisofSpleenofGrassCarpInfectedbyReovirus戴早培養(yǎng)單位(院、系)：生命科學(xué)學(xué)院指導(dǎo)教師姓名、職稱：林剛副教授申請(qǐng)學(xué)位的學(xué)科門類：理學(xué)學(xué)科專業(yè)名稱：細(xì)胞生物學(xué)論文答辯日期：2017年5月26日答辯委員會(huì)：評(píng)閱人：2

2、017年月日摘要摘要草魚(yú)是我國(guó)一類重要的經(jīng)濟(jì)魚(yú)類，但在養(yǎng)殖過(guò)程中，草魚(yú)出血病病毒(呼腸孤病毒)導(dǎo)致了草魚(yú)在養(yǎng)殖過(guò)程中大量的死亡。通過(guò)對(duì)草魚(yú)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可以從整體的角度去研究草魚(yú)抵抗呼腸孤病毒的分子機(jī)理和生物進(jìn)程。在本研究中，從NCBI下載了SRA099702的原始數(shù)據(jù)。并對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行了常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)分析。本研究通過(guò)常規(guī)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（TophatHTSeqDESeq），發(fā)現(xiàn)了50個(gè)極顯著差異的基因。同時(shí)，共表

3、達(dá)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)分析（TophatCufflinksWGCNACytoscape）得到了84個(gè)極顯著差異的基因。其中ISG15和sacsinlike在這些差異顯著的基因中表達(dá)量呈上調(diào)。將兩者的差異基因取交集后發(fā)現(xiàn)ISG15(類泛素化基因)在共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中處于核心基因的地位。對(duì)兩類差異基因進(jìn)行KEGG的富集分析（KOBAS）后發(fā)現(xiàn)流感病毒A感染人類的信號(hào)通路與呼腸孤病毒感染草魚(yú)的信號(hào)通路相似。通過(guò)熒光定量PCR和對(duì)另一組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(SRP0490