從轉(zhuǎn)錄組和蛋白組水平研究大鼠再生肝的細(xì)胞增殖途徑和方式.pdf

1、本研究采用整合轉(zhuǎn)錄組和蛋白組的方法對(duì)大鼠肝再生(RatLiverRegeneration，RLR)的機(jī)理進(jìn)行系統(tǒng)性分析?；蛭㈥嚵蟹治霭l(fā)現(xiàn)，3712個(gè)基因在大鼠肝再生中的表達(dá)差異顯著或極顯著，其中，2850個(gè)基因表達(dá)上調(diào)、816個(gè)基因表達(dá)下調(diào)和46個(gè)基因表達(dá)上/下調(diào)。蛋白質(zhì)分析發(fā)現(xiàn)，2168種蛋白的表達(dá)差異顯著或極顯著，其中，1518種蛋白表達(dá)上調(diào)、411種蛋白表達(dá)下調(diào)和239種蛋白表達(dá)上/下調(diào)。上述基因和蛋白統(tǒng)稱(chēng)為RLR相關(guān)基因或RL

2、R相關(guān)蛋白。其中，2381個(gè)RLR基因?yàn)榛蚪M特有，775種RLR蛋白為蛋白組特有，在mRNA或/和翻譯水平上與肝再生相關(guān)并相對(duì)應(yīng)的基因與蛋白，即RLR基因/蛋白2383種，其中，RLR基因1331個(gè)，RLR蛋白1393種。
　　在此基礎(chǔ)上，用已建立的數(shù)據(jù)庫(kù)和統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，從細(xì)胞增殖的角度分析這些肝再生相關(guān)基因和蛋白表達(dá)變化在大鼠肝再生中預(yù)示的生物學(xué)意義。GeneOntology(GO)注釋發(fā)現(xiàn)，1009個(gè)RLR基因參與細(xì)胞增殖，5

3、06種RLR蛋白參與細(xì)胞增殖。對(duì)比上述基因和蛋白的表達(dá)變化發(fā)現(xiàn)，561個(gè)RLR基因未在蛋白組中查到,為基因組特有，89種RLR蛋白未在基因組中查到，為蛋白組特有，744種基因和蛋白相對(duì)應(yīng)并在mRNA或/和蛋白水平上與肝再生相關(guān)，稱(chēng)為RLR基因/蛋白。同時(shí)，606個(gè)RLR基因參與細(xì)胞增殖信號(hào)通路，279種RLR蛋白參與細(xì)胞增殖信號(hào)通路。譜函數(shù)（Ep(t)值）分析表明肝臟細(xì)胞的增殖主要與FGF、PDGF、INS、OSM、IL2和HRH3信號(hào)

4、傳導(dǎo)活動(dòng)密切相關(guān)。上述6條信號(hào)通路涉及特有基因9個(gè)，特有蛋白3種，基因/蛋白23種。同時(shí)，利用網(wǎng)絡(luò)原理和方法結(jié)合同類(lèi)提取法分析發(fā)現(xiàn)，磷脂酶Cγ2(phospholipaseCgamma2，PLCG2)是上述6條細(xì)胞增殖信號(hào)通路的匯集點(diǎn)。PLCG2的表達(dá)受轉(zhuǎn)錄和翻譯水平的雙重調(diào)控，在大鼠肝再生中起重要作用。
　　綜上所述，本研究通過(guò)生物高通量檢測(cè)結(jié)合網(wǎng)絡(luò)原理和方法分析了大鼠肝再生中基因和蛋白表達(dá)變化預(yù)示的細(xì)胞增殖信號(hào)通路對(duì)細(xì)胞增殖活