河豚魚基因組序列片段和多藥耐藥基因序列分析

1、實用生物信息技術(shù)課程第9次作業(yè)1河豚魚基因組序列片段和多藥耐藥基因序列分析河豚魚基因組序列片段和多藥耐藥基因序列分析姓名學(xué)號組號日期年月日1.研究背景和文獻閱讀研究背景和文獻閱讀1)閱讀劉勇博士論文，簡述該論文的研究目的、研究方法和主要研究結(jié)果。2)閱讀河豚魚基因組測序計劃相關(guān)論文，說明河豚魚基因組特點。3)閱讀NCBI免費書架提供的ABC轉(zhuǎn)運蛋白超家族（TheHumanATPBindingCassette(ABC)TranspterS

2、uperfamily）網(wǎng)絡(luò)書籍及其它相關(guān)論文，簡述ABC轉(zhuǎn)運蛋白超家族分類和功能，說明人ABCB1家族（即多藥耐藥基因家，MutidrugResistance）的基因結(jié)構(gòu)、染色體定位、序列特征和主要功能。4)閱讀MoleculeoftheMonth有關(guān)多藥耐藥蛋白的文章，說明哺乳動物和細菌多藥耐藥蛋白的異同。2.數(shù)據(jù)庫檢索和序列分析數(shù)據(jù)庫檢索和序列分析1)檢索UniProtKB序列數(shù)據(jù)庫中ABCB1基因家族，列表說明已經(jīng)過人工審閱的序列

3、條目；對上述序列進行多序列比對，說明比對結(jié)果。2)瀏覽人多藥耐藥基因蛋白質(zhì)注釋信息、文獻報道和數(shù)據(jù)庫交叉鏈接，說明其功能、亞細胞定位、組織特異性、互作蛋白、結(jié)構(gòu)域特征、剪接變體、序列特征、基因結(jié)構(gòu)、基因組定位、表達特異性等。3)檢索核酸序列數(shù)據(jù)庫中人ABCB1基因的mRNA序列，提取其編碼區(qū)核苷酸序列，并將其翻譯成蛋白質(zhì)序列。3.河豚魚柯氏質(zhì)?；蚪M序列片段分析河豚魚柯氏質(zhì)?；蚪M序列片段分析1)提取GenBank中劉勇等提交的柯氏質(zhì)粒

4、河豚魚基因序列片段全長序列，用點陣圖方法確定其中是否包含重復(fù)片段。2)用多種方法預(yù)測上述河豚魚基因組重復(fù)片段基因結(jié)構(gòu)，比較它與人ABCB1基因結(jié)構(gòu)的異同。3)分析上述重復(fù)序列的全長基因DNA序列、編碼區(qū)序列及其翻譯得到的氨基酸序列的相似性，說明分析結(jié)果。4)用WebLab中coderet程序提取上述柯氏質(zhì)粒河豚魚基因組序列條目中所有基因的編碼區(qū)序列和所編碼的氨基酸序列。5)用點陣圖方法分析上述提取的序列中第一個基因（即多藥耐藥基因MDR

5、2）所編碼的氨基酸序列，說明是否有重復(fù)結(jié)構(gòu)域。6)用多種跨膜螺旋預(yù)測程序預(yù)測上述MDR2蛋白質(zhì)序列中可能的跨膜螺旋。4.數(shù)據(jù)庫搜索數(shù)據(jù)庫搜索1)以上述河豚魚基因組多藥耐藥基因全長序列，用BlastN搜索人基因組核酸序列數(shù)據(jù)庫，調(diào)節(jié)不同參數(shù)，比較搜索結(jié)果。2)以上述河豚魚基因組多藥耐藥基因編碼區(qū)序列，用BlastX搜索人基因組蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，調(diào)節(jié)不同參數(shù)，比較搜索結(jié)果。3)以上述河豚魚基因組多藥耐藥基因氨基酸序列，用BlastP搜索人基