池蝶蚌線粒體全基因組序列分析.pdf

1、本研究根據(jù)近緣物種的線粒體基因組全序列的相對(duì)保守區(qū)域總共設(shè)計(jì)了25對(duì)引物,對(duì)人工選育后的F3代池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)雌性和雄性的性腺mtDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增、基因克隆以及目的片段測(cè)序,拼接所有序列,首次獲得了池蝶蚌線粒體基因組全序列。其中,雌性mtDNA長(zhǎng)15939bp,雄性長(zhǎng)15961bp；雌性堿基組成為A(37.1％)、C(26.8％)、T(23.2％)、G(12.9％),雄性堿基組成為A(37.1％)、

2、C(26.7％)、T(23.3％)、G(12.9％)。
　　 對(duì)雌雄池蝶蚌mtDNA進(jìn)行基因注釋和分析,發(fā)現(xiàn)基因組成相同,均由13個(gè)蛋白質(zhì)基因、22個(gè)tRNA基因、2個(gè)rRNA基因和28個(gè)1-393bp不等的非編碼區(qū)組成；在L鏈上的基因有:蛋白質(zhì)基因(ND1、ND2、ND6及Cytb)、tRNA基因(tRNA-M,A,S,E,W,R,K,T,y,L(CUA),N,P,F,Q,C,I.,V,L(UAA),G,S)及兩個(gè)rRNA基因

3、(12SrRNA和16SrRNA)；H鏈上的基因有:蛋白質(zhì)基因(ND3、ND4、ND5、ND4L、ATP6、ATP8、COX1,、COX2、COX3)及tRNA基因(tRNA-D、tRNA-H)。
　　 對(duì)比雌雄兩性池蝶蚌mtDNA的基因,分析得到:雌雄13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因只存在堿基的轉(zhuǎn)換(0.34％-7.34％)和顛換(0.00％-0.62％),使用的起始密碼子和終止密碼子均相同,起始密碼子有I(AUU、AUC)、V(GUG)

4、、M(AUG)、L(UUG)4種,終止密碼子均為典型的UAA或UAG,最常用氨基酸及密碼子分別為L(zhǎng)eu和UUU(F)。雌雄22個(gè)tRNA基因都能形成三葉草二級(jí)結(jié)構(gòu),雌雄tRNA基因間只存在1-2bp的差異,處于接受臂、可變臂、TΨJC環(huán)、TΨC莖、D環(huán)及D莖上。雄性16S rRNA比雌性長(zhǎng)9bp,雄性在573bp-592bp處形成兩個(gè)TAAAAAAAAC串聯(lián)重復(fù)序列,這個(gè)變化區(qū)可能處于16SrRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的環(huán)上。對(duì)非編碼區(qū)進(jìn)行分析,發(fā)

5、現(xiàn)雌雄池蝶蚌非編碼區(qū)只存在1bp的堿基顛換,tRNA-E與tRNA-W間的非編碼區(qū)均含有一個(gè)ORF區(qū),而控制區(qū)并未發(fā)現(xiàn)。
　　 比較雌雄COX1基因堿基差異,并利用MP法構(gòu)建淡水貝類COX1基因系統(tǒng)進(jìn)化樹,分析Doubly-Uniparental Inheritance(DUI)現(xiàn)象是否存在于池蝶蚌中。結(jié)果表明,在所得到的兩條mtDNA中并未發(fā)現(xiàn)DUI現(xiàn)象。
　　 除COX2-12S rRNA區(qū)域外,池蝶蚌與射線佩飾真珠