水稻瘤矮病毒部分基因組片段的克隆及序列分析.pdf

1、該文完成了水稻瘤矮病毒(Rice gall dwarfvirus,RGDV)中國(guó)廣東信宜分離物(RGDV-C)部分基因組片段的克隆及其全序列測(cè)定,并首次報(bào)道了S12片段的全序列.根據(jù)水稻瘤矮病毒泰國(guó)分離物(RGDV-T)的末端及保守序列設(shè)計(jì)引物,利用RT-PCR技術(shù),以RGDV-C基因組dsRNA為模板,擴(kuò)增獲得RGDV-C的S2(AY556484)、S3(AY559408)、S8(AY216767)、S9(AY556483)、S10(

2、AY559406)和S11(為AY559407)的全序列.序列比較表明RGDV-C與RGDV-T相應(yīng)片段的核苷酸和氨基酸同源性分別為91.9％-98.1％和96.6％-98.7％,它們之間核苷酸變異主要是同類堿基的轉(zhuǎn)換,即G-A或C-T;而且大多數(shù)變異發(fā)生在密碼子的第三位堿基上,不引起蛋白質(zhì)水平上的變化.在氨基酸水平上,也多是同類氨基酸的替代,僅有RGDV-C S11片段編碼的aa211處存在一個(gè)Leu卻失.RGDV-C與RGDV-T相

3、應(yīng)片段的GC含量、編碼區(qū)和非編碼區(qū)的長(zhǎng)度、末端保守序列、基因組片段特異反向重復(fù)序列等基因組組織結(jié)構(gòu)上基本一致;進(jìn)一步以其編碼的外層衣殼蛋白在同屬內(nèi)作系統(tǒng)進(jìn)化以及病毒粒體被嚴(yán)格限制于薄壁細(xì)胞、致瘤特性分析顯示,RGDV與WTV比RGDV與RDV具有更大的相似性.在完成RGDV-C已知基因組片段同源克隆的基礎(chǔ)上,采用了一種克隆dsRNA病毒未知基因組片段的新方法——單引物擴(kuò)增技術(shù),首次克隆了RGDV基因組S12片段,并測(cè)定了全序列.這是國(guó)際

4、上首次報(bào)道RGDV S12片段的全序列.最后,結(jié)合多種軟件對(duì)以上序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析.在保守結(jié)構(gòu)域分析時(shí)表明,植物呼腸孤病毒屬中,S8片段編碼的主要外層衣殼蛋白具有相同的保守結(jié)構(gòu)域;RGDV S10片段編碼的36kDa蛋白,RDV S9片段編碼的Pns9蛋白,WTV S11片段編碼的P9蛋白也具有相同的保守結(jié)構(gòu)域;RGDV S11片段編碼的Pns11蛋白(40kDa)與WTV、RDV S10片段編碼的Pns11、Pns10等非結(jié)構(gòu)蛋白