桉樹EST-SNP的開發(fā)及EST圖譜構(gòu)建.pdf

1、本研究利用4種方法，對(duì)桉樹EST-PCR產(chǎn)物的純化效果和測(cè)序結(jié)果進(jìn)行了比較。對(duì)測(cè)序試劑盒的不同用量的測(cè)序結(jié)果的分析。結(jié)果以乙醇-醋酸鈉法純化和Bigdye 1/1 6或1/32用量的測(cè)序方案，具有成本低和操作簡(jiǎn)便的優(yōu)點(diǎn)，適合96孔板或384孔板大規(guī)模EST-PCR產(chǎn)物的測(cè)序。
　　 從NCBI網(wǎng)站下載EST序列，設(shè)計(jì)引物2500對(duì)，在尾葉桉中有1684對(duì)成功擴(kuò)增，引物通用率為67.36％。通過對(duì)EST-PCR產(chǎn)物直接測(cè)序，成功測(cè)

2、序有1197條EST，測(cè)序成功率為71.08％。其中在526條EST中共發(fā)現(xiàn)1456個(gè)SNPs，平均每404 bp有一個(gè)SNP。擴(kuò)增產(chǎn)物序列與原EST序列的同源性在80％以上有719條，占到總測(cè)出序列的60.67％，來自外顯子區(qū)域發(fā)現(xiàn)有472個(gè)SNPs。比較不同來源的EST的SNP發(fā)生頻率，初步判斷出尾葉桉與不同桉樹種的親緣關(guān)系遠(yuǎn)近。本研究表明在桉屬EST中開發(fā)SNP的潛力很大。
　　 以尾葉桉×細(xì)葉桉的2親本和132子代為作圖