玉米EST文庫(kù)的構(gòu)建、部分EST功能注釋及其數(shù)據(jù)庫(kù)的管理系統(tǒng).pdf

1、以CLONTEECH的pDNR-LIB質(zhì)粒為載體,構(gòu)建了干旱和鹽堿共脅迫不同時(shí)間段和相應(yīng)的無(wú)脅迫的正常生長(zhǎng)條件下的耐早玉米(Zea mays L.)YQ7-96品系的雌雄分化期(12片葉齡)的混合組織(葉、莖和花芽)的EST文庫(kù).該文庫(kù)容量>2.0×10<'5>,覆蓋了預(yù)計(jì)的玉米基因組5萬(wàn)個(gè)基因的4倍以上;隨機(jī)檢查843個(gè)克隆插入eDNA片斷長(zhǎng)度,范圍在0.25-2.0kb.其中0.25-0.5kb的占37.2％,0.5-1.0kb的占

2、54.9%,1.0-2.0kb的占7.7%;隨機(jī)對(duì)96個(gè)克隆進(jìn)行3′端和5′端測(cè)序,結(jié)果3′端測(cè)序的EST都有Poly(A).再隨機(jī)對(duì)2976個(gè)克隆中的cDNA進(jìn)行了的5′端進(jìn)行了測(cè)序,共計(jì)測(cè)序3027條,其中2098條是測(cè)序有效(測(cè)序中N的比例<5%,外源長(zhǎng)度>150bp,且是非線粒體,非rRNA序列)的EST.進(jìn)一步的組裝分析后得到168個(gè)重疊群(Contig),1693條單拷貝EST,共計(jì)1861條獨(dú)立基因.根據(jù)GenBank的B

3、LASTn分析,1861條獨(dú)立基因中的130條(6.98%)屬于新的表達(dá)基因的序列,21條可以定位在玉米的不同染色體上.根據(jù)GenBank的BLASTx分析,2098條EST中的1007(48%)條有功能注釋,1091(52%)條無(wú)功能注釋.上述結(jié)果表明該文庫(kù)中的EST信息將會(huì)對(duì)公共數(shù)據(jù)庫(kù)中現(xiàn)存的玉米EST數(shù)據(jù)庫(kù)起到很好的補(bǔ)充作用.以微軟公司的數(shù)據(jù)處理軟件Microsoft Excel 2003為平臺(tái),利用其VBA語(yǔ)言,我們編寫(xiě)了從大量

4、基因注釋文檔結(jié)果中自動(dòng)并大規(guī)模提取并處理關(guān)鍵信息項(xiàng)的宏程序系統(tǒng)一表達(dá)基因序列(EST)及其注釋數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)(Management System of Sequences and Notation Database of Expressed Sequence Tags,MSSNDBEST).MSNDBEST具有如下功能:以多種出格式或類(lèi)型輸出文件、自動(dòng)地從數(shù)據(jù)庫(kù)中二次提取信息項(xiàng)以及批量進(jìn)行原始的EST序列和原始的Blast結(jié)果文檔的鏈接等