水稻86,136EST的功能注釋、表達(dá)圖譜比較及可變剪接形式分析.pdf

1、復(fù)旦大學(xué)博士學(xué)位論文水稻86136EST的功能注釋、表達(dá)圖譜比較及可變剪接形式分析姓名：周雁申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：遺傳學(xué)指導(dǎo)教師：李昌本黃谷揚2002.5.28摘要運用在基因組項目中成熟起來的高通量測序技術(shù)使得EST測序項目及其數(shù)據(jù)分析已經(jīng)成為基因識別的有力工具。EST數(shù)據(jù)分析可以為我們提供關(guān)于基因功能與表達(dá)的重要信息，特別是在與基因組序列一同分析時，我們可以得到更有價值的信息。水稻是世界上最重要的糧食作物之一。我們對86，136條水

2、稻EST序列進行測序，并且對其基因功能、表達(dá)譜和水稻的剪接形式變化進行了分析。(在分析’過程中，我們綜合了所有的水稻EST(包括公共數(shù)據(jù)庫中已有的水稻EST)和水稻基因組數(shù)據(jù)。我們做了嚴(yán)格的文庫質(zhì)量評估，序列質(zhì)量評估，測序進度評估，序列拼接檢測，功能預(yù)測及分類，表達(dá)量分析和剪接形式分析等工作。其中，文庫質(zhì)量評估比以前的工作詳細(xì)得多，使用了新的錯拼識別機制與拼接質(zhì)量評估流程，將可能錯拼的序列重新拼接，并且借助于基因組序列信息對拼接結(jié)果進行

3、了合并，盡最大可能保證拼接的正確性。我們在測序進度評估中加入了參考序列庫，使得評估更加靈敏。我們所使用的基因功能分類方法也是與國內(nèi)外研究同步的，一直到最近才有相關(guān)報道[901。植物剪接形式數(shù)據(jù)庫(PASDB)是唯一也是第一個針對綠色植物剪接形式變化的數(shù)據(jù)庫。這個數(shù)據(jù)庫幾乎涵蓋了所有已報道的植物可變剪接并且運用數(shù)據(jù)可視化的方法使剪接形式的變化一目了然，為進一步在預(yù)測水稻中的可變剪接打下了扎實的基礎(chǔ)。在剪接形式變化的物種橫向比較中，我們在水

4、稻中發(fā)現(xiàn)了一些新的剪接形式變化。比如，dTDP—Dglucose46一dehydratase可能在3’端具有可變剪接。與此同時，還開發(fā)了～些高通量，高穩(wěn)定性與高準(zhǔn)確性的分析軟件將這些分析過程自動化。這些分析軟件大量利用基因組序列信息幫助分析，并且可直接擴展為基因組信息分析平臺。其中UniBlast，一個BLAST結(jié)果后處理程序完全由作者設(shè)計與完成。功能注釋系統(tǒng)由作者設(shè)計(功能，數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，程序結(jié)構(gòu)等等)與集成。PASDB的功能設(shè)計，主要技