稻瘟病菌MoYpt5和MoYpt7蛋白互作網(wǎng)絡(luò)預(yù)測.pdf

1、Rab蛋白作為Ras超家族中最大的成員在囊泡運(yùn)輸過程中起分子開關(guān)作用。Rab5主要定位在囊泡和早期內(nèi)涵體上，負(fù)責(zé)調(diào)控細(xì)胞內(nèi)吞過程以及早期內(nèi)涵體的融合；Rab7大多分布于晚期內(nèi)涵體上，調(diào)控早期內(nèi)涵體向晚期內(nèi)涵體的轉(zhuǎn)運(yùn)過程。
　　稻瘟病菌(M.oryzae)基因組共有11個假定的Rab蛋白家族成員，序列分析MoYpt51(MGG_06241)、MoYpt52(MGG_01185)和MoYpt7(MGG_08144)和它們的同源蛋白都具

2、有G結(jié)構(gòu)域和可變的N端和C端組成。G結(jié)構(gòu)域中具有5個高度保守的氨基酸序列RabF1-F5，它們可作為Rab蛋白鑒定的特征序列。另外還有4個保守序列可作為區(qū)分Rab蛋白亞家族的特征序列RabSF1-4。這說明Rab家族蛋白的功能結(jié)構(gòu)域是十分保守的。系統(tǒng)進(jìn)化分析表明它們與粗糙脈孢菌(N.crassa)和釀酒酵母(S.cerevisia)同源性較近，所以將釀酒酵母作為同源映射方法的模式真菌。
　　搜索多個大型蛋白互作數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)數(shù)據(jù)支持

3、，共得到數(shù)百個與核心蛋白互作的蛋白和互作對。利用信息處理技術(shù)和高效制圖平臺將這些蛋白互作對構(gòu)建成互作網(wǎng)絡(luò)。對網(wǎng)絡(luò)的模塊進(jìn)行分離得到若干個具有生物學(xué)意義的模塊，它們中有的參與了蛋白質(zhì)降解的泛素途徑，有的與囊泡介導(dǎo)的蛋白質(zhì)胞內(nèi)運(yùn)輸有關(guān)，有的在蛋白質(zhì)、核酸的組裝和修飾過程起重要作用等。從網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)涮匦陨峡?，這些互作網(wǎng)絡(luò)與隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)相比具有明顯無尺度網(wǎng)絡(luò)特征和小世界屬性，蛋白質(zhì)間聯(lián)系較為緊密，有一定的模塊聚類特點(diǎn)。亞細(xì)胞內(nèi)定位中大部分假定互作蛋白

4、位于細(xì)胞質(zhì)和質(zhì)膜上，這與目標(biāo)蛋白互作提供了空間上的可能性。
　　根據(jù)結(jié)合結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果，本研究選擇了MGG_07137和MGG_04143進(jìn)行一對一的酵母雙雜交驗(yàn)證。預(yù)測蛋白MGG_07137與激活狀態(tài)下MoYpt7存在一定程度的互作。大量文獻(xiàn)表明它是MoYpt7重要調(diào)節(jié)因子，推測可能與失活狀態(tài)的MoYpt7具有明顯的互作；MGG_04143與MoYpt5和MoYpt7未發(fā)現(xiàn)互作跡象，這個蛋白可能不是它們直接互作的蛋白，但該蛋白結(jié)