家兔毛色候選基因MC1R、AGOUTI、TYR、TYRP1及MLPH的研究分析.pdf

1、基因控制著毛色色素的形成和類型，從而能夠決定哺乳動物的毛色。不同種屬哺乳動物的毛色由不止一個基因決定；這些基因不僅能在突變后影響毛色的形成，而且能夠通過彼此間的相互作用控制毛色的產生。所以尋找控制家兔各毛色的主效基因對于家兔毛色的純化具有重要意義，其中黑素皮質素受體1（MC1R）基因、鼠灰色（AGOUTI）基因、酪氨酸酶(TYR)基因、酪氨酸酶相關蛋白1（TYRP1）基因及毛色位點稀釋（MLPH）基因是與家兔毛色有關的五個候選基因。本實

2、驗以青島康大兔業(yè)發(fā)展有限公司與山東農業(yè)大學聯(lián)合培育的749只肉兔及蒙陰益達兔業(yè)有限公司與山東農業(yè)大學聯(lián)合培育的399只長毛兔為實驗材料，共計1148只。采樣時根據顏色將家兔分為黃色、黑色、麻色、白色、青紫藍及八點黑色。對各種顏色先進行混池測序，利用DNAMAN軟件及chromas軟件尋找各顏色候選基因編碼區(qū)的SNPs位點；再對發(fā)現(xiàn)的每種顏色的每個SNPs位點取20個樣本單獨擴增測序，對SNP位點進行驗證，統(tǒng)計基因型及基因型頻率，篩選控制

3、該顏色的主效控制基因。
　　MC1R基因：本研究在家兔 MC1R基因的外顯子發(fā)現(xiàn)四個突變位點（1）317→346 ins30，（2）346G→A，（3）568T→C，（4）292-297del6，四個突變位點在不同毛色家兔中的存在情況不同：黃色家兔未發(fā)現(xiàn)突變，黑色、麻色、白色、青紫藍及八點黑色家兔中四個突變位點的存在復雜多樣，因此單個MC1R基因無法決定家兔是何種毛色。
　　AGOUTI基因：本實驗在AGOUTI基因的四個外

4、顯子的研究發(fā)現(xiàn)，在基因的第一、第三及第四外顯子各毛色家兔未發(fā)現(xiàn)SNPs位點，在第二外顯子發(fā)現(xiàn)2個突變位點（5）294G→A，（6）315G→A兩個突變位點，兩個位點發(fā)生連鎖且只存在黃色、麻色及青紫藍色的家兔中。黃色、麻色家兔的EEFF基因型為優(yōu)勢基因型，其頻率分別為0.95及0.85；青紫藍色家兔的EeFf基因型為優(yōu)勢基因型，其頻率為0.8。
　　TYR基因:本實驗對TYR基因的五個外顯子研究發(fā)現(xiàn)4個突變位點，位點（7）210G→

5、A，（8）176G→C，（9）197A→C及（10）240A→C，其中位點7位于第一外顯子，位點8及位點9位于第二外顯子，位點10位于第三外顯子。突變位點7及位點8，突變后其優(yōu)勢基因型頻率較低，直接作用于毛色的影響小，對實驗研究意義不大；只有八點黑色家兔在位點9發(fā)生突變，II基因型為其優(yōu)勢基因型，且基因型頻率為1，因此突變位點9可以作為八點黑色家兔的篩選標記。在突變位點10處，黃色家兔及八點黑色家兔的JJ基因型為優(yōu)勢基因型，其基因型頻率

6、為1，黑色家兔及青紫藍色家兔的Jj基因型為優(yōu)勢基因型，其基因型頻率為1，麻色家兔及白色家兔jj基因型為優(yōu)勢基因型，其基因型頻率為1。
　　TYRP1基因：本實驗對TYRP1基因的七個外顯子研究發(fā)現(xiàn)3個突變位點（11）73C→T，（12）155Tdel，（13）158T→A，且突變位點12及13構成連鎖，只發(fā)生在黃色家兔中，MMNN基因型為其優(yōu)勢基因型，且基因型頻率為1；在其他顏色家兔中未發(fā)現(xiàn)位點12及位點13的突變，因此推測此基因

7、位點的突變與家兔黃色的產生有關。位點11突變后其優(yōu)勢基因型頻率較低，直接作用于毛色的影響小，對實驗研究意義不大.
　　MLPH基因：本實驗對MLPH基因的第五外顯子研究發(fā)現(xiàn)兩個突變位點（14）206T→C及位點（15）208C→T。通過研究發(fā)現(xiàn)，各顏色家兔在位點14及位點15處的突變種類復雜，因此無特征性的突變。由此得出，單獨的MLPH基因與家兔毛色的產生意義不大。
　　本研究對影響毛色的五個候選基因的編碼區(qū)進行擴增測序，分

8、析了它們與毛色的關系。通過比較分析各顏色家兔SNP位點的信息，結合分子生物學的研究方法，本實驗推測出了各顏色的主要控制基因及該顏色的基因型，黃色家兔的主要控制基因為TYRP1基因，基因型為MM；黑色家兔的主要控制基因為AGOUTI基因與TYR基因，基因型為eeJj；麻色家兔的主要控制基因為AGOUTI基因與TYR基因，基因型為EEjj；白色家兔的主要控制基因為AGOUTI基因與TYR基因，基因型為eejj；青紫藍色主要控制基因為AGOU