牡丹EST-SSR引物開(kāi)發(fā)及其親緣關(guān)系分析.pdf

1、分類(lèi)號(hào)密級(jí)UDC編號(hào)碩士學(xué)位論文牡丹ESTSSR引物開(kāi)發(fā)及其親緣關(guān)系分析學(xué)位申請(qǐng)人：人：王娟指導(dǎo)教師：師：侯小改教授郭大龍副教授學(xué)科專(zhuān)業(yè)：業(yè)：植物學(xué)學(xué)位類(lèi)別：別：理學(xué)2011年4月摘要論文題目：論文題目：牡丹ESTSSR引物開(kāi)發(fā)及引物開(kāi)發(fā)及其親緣分析其親緣分析專(zhuān)業(yè)：業(yè)：植物學(xué)物學(xué)研究生：生：王娟指導(dǎo)教師：指導(dǎo)教師：侯小改小改郭大龍郭大龍摘要牡丹(Paeoniasuffruticosarews.)花大形美，色艷香濃，不僅具有很高的觀賞價(jià)值

2、，而且還有極高的藥用價(jià)值。其種質(zhì)資源極為豐富，種質(zhì)資源的保存和評(píng)價(jià)是其利用的重要前提，其分子水平上的遺傳多樣性研究已取得了較大進(jìn)展。但是，在揭示種間、種內(nèi)及品種群間遺傳關(guān)系和栽培牡丹起源問(wèn)題上并未取得一致性結(jié)論。因此，開(kāi)發(fā)適用于牡丹的ESTSSR標(biāo)記應(yīng)用于牡丹遺傳圖譜的構(gòu)建、物種間親緣關(guān)系鑒定、輔助育種等方面具有重要意義。利用公共數(shù)據(jù)庫(kù)中數(shù)量增加的表達(dá)序列標(biāo)簽(expressedsequencetagEST)資源來(lái)開(kāi)發(fā)微衛(wèi)星分子標(biāo)記(S

3、impleSequenceRepeat，SSR)已廣泛地應(yīng)用在許多動(dòng)植物的基因組分析。ESTSSR是通過(guò)對(duì)EST序列進(jìn)行分析，找到含有重復(fù)單元的位置，在兩側(cè)設(shè)計(jì)引物而開(kāi)發(fā)得到的，因此，ESTSSR反映基因的編碼部分，可直接獲得基因的表達(dá)信息，并可對(duì)一些重要性狀進(jìn)行直接鑒定。本研究利用NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中牡丹EST序列信息，在了解牡丹EST的SSR信息的基礎(chǔ)上，首次建立了牡丹ESTSSR標(biāo)記，同時(shí)利用篩選出的29對(duì)引物對(duì)55份牡丹品種親緣關(guān)系

4、進(jìn)行了探討。研究結(jié)果如下：1.首先對(duì)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)下載獲得的2204條牡丹EST序列進(jìn)行比對(duì)，去冗余后得到1658條牡丹EST序列，然后利用MISA軟件對(duì)這些序列進(jìn)行篩查，結(jié)果在其中901條EST序列中發(fā)掘出1111個(gè)SSR，出現(xiàn)頻率為67.00%，平均分布距離為1004bp。在牡丹ESTSSR中，單核苷酸重復(fù)是最主要的重復(fù)類(lèi)型，其次是二核苷酸重復(fù)和三核苷酸重復(fù)，四核苷酸重復(fù)和六核苷酸重復(fù)分布極少，沒(méi)有五核苷酸重復(fù)。AT、AGCT和AA

5、GCCT是單、二和三核苷酸中優(yōu)勢(shì)重復(fù)類(lèi)型，分別占單、二和三核苷酸重復(fù)的98.19%、83.78%和35.71%。2.從篩選出的901條可利用的ESTSSR序列中隨機(jī)選取部分序列，利用Premier3.0軟件，依據(jù)引物設(shè)計(jì)原則，共設(shè)計(jì)出牡丹ESTSSR引物29對(duì)。3.選擇“洛陽(yáng)紅”為試材，對(duì)這29對(duì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，再利用0.80%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行引物篩選，以條帶的多態(tài)性和穩(wěn)定性為標(biāo)準(zhǔn)篩選出條帶清晰、多態(tài)性較好的13對(duì)引物。共檢測(cè)出