小麥EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)、染色體定位和遺傳作圖.pdf

1、EST-SSR標(biāo)記是基于EST或cDNA數(shù)據(jù)開發(fā)的一種分子標(biāo)記。作為一種新型SSR標(biāo)記，EST-SSR標(biāo)記來自表達(dá)基因，因而除具備傳統(tǒng)基因組來源的SSR標(biāo)記所有優(yōu)勢(shì)外，可能與基因功能表達(dá)具有直接或間接關(guān)系，從而強(qiáng)化了SSR標(biāo)記在遺傳研究中的應(yīng)用。本研究利用GenBank的小麥、玉米、大麥、高粱、水稻5種主要的禾本科作物的EST序列分析SSR的分布規(guī)律；開發(fā)SSR引物，篩選在小麥中的有效引物；利用中國(guó)春缺體一四體系將部分引物進(jìn)行染色體定位

2、；利用RIL群體構(gòu)建遺傳圖譜；利用BLAST程序比對(duì)將EST-SSR標(biāo)記與特定的生物學(xué)功能聯(lián)系起來。主要結(jié)果如下： 1 對(duì)5種禾本科作物的407,663條EST序列進(jìn)行了微衛(wèi)星序列的篩選，共發(fā)現(xiàn)SSR重復(fù)序列10,253個(gè)，占整個(gè)搜索ESrr數(shù)據(jù)庫的2.52％，平均每24．67Kb出現(xiàn)一個(gè)SSR。其中水稻SSR重復(fù)序列出現(xiàn)頻率最高，占整個(gè)搜索EST數(shù)據(jù)庫的3.59％，每14.59Kb出現(xiàn)一個(gè)SSR；小麥SSR序列出現(xiàn)頻率最低，占

3、整個(gè)搜索：EST數(shù)據(jù)庫的1.93％，每40.13Kb出現(xiàn)一個(gè)SSR。玉米、大麥、高粱中SSR分別為每1.99、1.30、3.21Kb出現(xiàn)一個(gè)SSR。 2 根據(jù)篩選：EST數(shù)據(jù)庫得到的微衛(wèi)星序列設(shè)計(jì)了1，367個(gè)．EST-SSR引物對(duì)。其中選擇合成了質(zhì)量比較好的715對(duì)引物。PCR擴(kuò)增和銀染檢測(cè)表明，500個(gè)引物對(duì)在不同小麥材料中顯示出穩(wěn)定清晰的條帶，可以作為小麥和相關(guān)物種的新的EST-SSR標(biāo)記。其中，來源于小麥、玉米、大麥、高

4、粱、水稻EST的SSR引物對(duì)分別為140(89.74％)、119(60.71％)、39(79.59％)、21(67.74％)、181個(gè)(63.96％)。 3 利用中國(guó)春缺體一四體對(duì)500個(gè)EST-SSR引物進(jìn)行了染色體定位，共定位了139個(gè)引物對(duì)、240個(gè)位點(diǎn)，覆蓋全部21條小麥染色體。其中，86個(gè)引物對(duì)涉及1條染色體，33個(gè)引物對(duì)涉及2條染色體，14個(gè)引物對(duì)涉及3條染色體，5個(gè)引物對(duì)涉及4條染色體，1個(gè)引物對(duì)涉及6條染色體。從

5、染色體組看，D染色體組位點(diǎn)最多，為97個(gè)；其次是B組，為81個(gè)；A組為64個(gè)，最少。從同源群來看，位點(diǎn)最多的是第1同源群，為58個(gè)，最少的是第5和第4同源群，分別有14和16個(gè)，不同同源群間差別較大。 4 利用RIL群體，檢測(cè)到54個(gè)EST-SSR多態(tài)性位點(diǎn)，將47個(gè)位點(diǎn)繪制在1A、1B、1D、2B、3B、4A、5A、5B、5D、6A、6D和7B等12條染色體上。其中，缺體一四體定位位點(diǎn)10個(gè)，其它37個(gè)位點(diǎn)根據(jù)連鎖關(guān)系繪制到遺