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文檔簡介
1、本研究利用松樹EST數(shù)據(jù)庫開發(fā)馬尾松SSR引物,主要結(jié)果如下:
1.從NCBI公共數(shù)據(jù)庫獲得359521條松樹EST,處理后得到全長為51,061,225 kb的無冗余EST序列56776條。在這些序列中搜索出2315個(gè)SSR分布于2057條EST中,出現(xiàn)頻率是4.08%,它們的平均距離是22.06 Kb。三核苷酸以下重復(fù)是主要類型,占總SSR的94.94%,檢測到二、三堿基重復(fù)的SSR總數(shù)為1631個(gè),四堿基至六堿基重復(fù)
2、的SSR共117個(gè)。AT/AT和AAG/CTT分別為二、三核苷酸中的優(yōu)勢重復(fù)類型,占各自重復(fù)類型的72.92%和19.02%。
2.隨著重復(fù)基元堿基數(shù)和SSR重復(fù)次數(shù)的增加,檢測出EST-SSR都明顯減少,呈現(xiàn)出堿基偏倚性。在所得二堿基以上重復(fù)類型的SSR中,20 bp以上(含20 bp)的SSR有488個(gè),12~20 bp的SSR有1260個(gè),即多態(tài)潛能高的SSR占27.92%,多態(tài)潛能次高的SSR占72.08%,并且對
3、這些SSR的可用性進(jìn)行了評價(jià)。這些EST-SSR設(shè)計(jì)出135對備選引物,最終得到51對可擴(kuò)增引物,有效擴(kuò)增率為37.78%;其中的39對有多態(tài)性,多態(tài)率為28.89%。在51對引物所對應(yīng)的微衛(wèi)星類型里,P型占74.51%,Ⅰ型占3.92%,C型占21.57%。
3.對所設(shè)計(jì)的51對引物用BioXM 2.0軟件進(jìn)行了104種常見酶的酶切位點(diǎn)統(tǒng)計(jì),在14對引物中檢測出19種酶切位點(diǎn):AatlI、AluI、BfaI、BspKT6
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