江門(mén)某醫(yī)院兒童急性腹瀉患者諾如病毒的檢測(cè)與毒株型別分析.pdf

1、目的:
　　 1.研究江門(mén)地區(qū)某醫(yī)院兒童病毒性腹瀉患者中諾如病毒(norovirus,NoV)感染基因型別,探討流行的優(yōu)勢(shì)毒株,
　　 2.疑似NoV重組株的重組鑒定及其重組區(qū)域的初步分析,探求可能的重組信息。
　　 方法:
　　 1.在江門(mén)婦幼保健醫(yī)院兒科門(mén)診部,收集兩年5歲以下病毒性腹瀉患兒糞便標(biāo)本,每個(gè)月的前15天為標(biāo)本收集日,連續(xù)收集24個(gè)月(2005年9月-2007年8月)。標(biāo)本采集當(dāng)日檢測(cè)輪狀

2、病毒后電話(huà)通知檢測(cè)結(jié)果,并調(diào)查有關(guān)問(wèn)題。
　　 2.用膠體金法檢測(cè)輪狀病毒后,再對(duì)所有標(biāo)本進(jìn)行核酸提取、合成cDNA,用引物.JV12Y/JV13Ⅰ擴(kuò)增NoV的RdRp區(qū)、用分型引物G Ⅰ SKF/G Ⅰ SKR.或COG2F/G Ⅱ SKR擴(kuò)增Capsid的N/S區(qū),PCR產(chǎn)物純化回收、測(cè)序,應(yīng)用BLAST將測(cè)序結(jié)果在GenBank上尋找與各株同源序列,應(yīng)用Clustal W進(jìn)行多序列對(duì)比分析和MEGA4.1構(gòu)建遺傳進(jìn)化樹(shù),進(jìn)

3、行NoV基因型別分析,判斷NoV流行優(yōu)勢(shì)株。
　　 3.對(duì)于疑似NoV重組株,采用引物JV12Y/G Ⅰ SKR或JV12Y/G Ⅱ SKR擴(kuò)增包括NoV ORF1,2重疊區(qū)基因序列,應(yīng)用BLAST將測(cè)序結(jié)果在GenBank上尋找與其同源序列,并利用SimPlot3.5.1軟件進(jìn)行基因重組鑒定,用BioEdit和DNAMAN對(duì)重組區(qū)的核苷酸序列和RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步分析。
　　 結(jié)果:
　　 1.兩年共收集了

4、881份江門(mén)兒童腹瀉患者標(biāo)本,其中NoV檢出率為13.1％(115/881)。隨機(jī)對(duì)其中檢出的67株NoV陽(yáng)性標(biāo)本進(jìn)行測(cè)序分析,57株屬于GⅡ.4型,6株屬于G Ⅱ.3型,2株屬于G Ⅱ.6型,2株為重組株。
　　 2.NoV/Jiangmen056/2006/china株由Lordsdal株的RdRp區(qū)和Mexico株的capsid區(qū)重組而成,而NoV/Jiangmen380/2006/china株由NLV/VannesL16

5、9/2000株的RdRp區(qū)和SaKaeo-53株的capsid區(qū)重組而成。
　　 3.NoV/Jiangmen056/2006/china株、NoV/Jiangmen380/2006/china株與其參考株的ORF1/2重疊區(qū)核苷酸序列和RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)28個(gè)高度保守的核苷酸和相似的發(fā)卡樣RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)。
　　 結(jié)論:
　　 1.江門(mén)地區(qū)兒童腹瀉患者中NoV感染比較普遍,是重要的致瀉病原體,同時(shí)存在不同基

6、因型別的NoV感染,也存在基因重組毒株。67株測(cè)序NoV樣本中57株屬于GⅡ.4型,6株屬于GⅡ.3型,2株屬于GⅡ.6型,2株為重組基因型,其流行優(yōu)勢(shì)毒株為GⅡ.4型。
　　 2.NoV/Jiangmen056/2006/china和NoV/Jiangmen380/2006/china是兩種不同型別NoV重組株,為我國(guó)南方地區(qū)首次發(fā)現(xiàn),其中NoV/Jiangmen380/2006/china是國(guó)內(nèi)一種新型G Ⅱ.b NoV重組