原發(fā)性干燥綜合征易感基因與子癇前期候選基因的研究.pdf

1、本文主要從以下幾方面進行論述：
　　第一部分 全外顯子測序探究原發(fā)性干燥綜合征易感基因的研究。
　　干燥綜合征（Sjogren's syndrome，SS）是一種常見的自身免疫性疾病，臨床上典型表現(xiàn)為淋巴細胞浸潤外分泌腺，尤其是唾液腺及淚腺，造成腺體破壞，分泌功能受損。患者除表現(xiàn)為口眼干燥外，隨病情進展常累及全身各個系統(tǒng)器官。干燥綜合征如果單獨發(fā)生，即為原發(fā)性干燥綜合征(Primary Sjogren's syndrome，

2、pSS)，若伴隨其它免疫性疾病如系統(tǒng)性紅斑狼瘡、風濕性關節(jié)炎等發(fā)生時，則為繼發(fā)性干燥綜合征(Secondary Sjogren's syndrome，sSS)。原發(fā)性干燥綜合征為常見病，在系統(tǒng)性自身免疫疾病中發(fā)病率僅次于風濕性關節(jié)炎。目前，干燥綜合征的發(fā)病機制尚不明確，疾病的發(fā)生發(fā)展過程涉及環(huán)境因素與遺傳因素的共同作用。pSS易感基因的研究是當前對該病的研究熱點之一，以往的研究多采用候選基因法，近年有兩篇分別在白種人和中國漢族人群中開展

3、的GWAS，發(fā)現(xiàn)了新的與pSS相關的基因。
　　目的:
　　以往的研究發(fā)現(xiàn)的位點多為常見變異且多數(shù)位于基因的內含子或基因間區(qū)域，對其功能的研究較為欠缺，本研究擬采用全外顯子測序技術(Whole exomesequence，WES)研究pSS，嘗試尋找與中國漢族人群pSS相關的外顯子區(qū)變異。
　　方法:
　　收集診斷明確的pSS患者共91例，健康對照152例，采集患者及對照的基本信息及外周血樣本，并提取基因組DNA

4、，保存?zhèn)溆?對11例pSS患者及6例健康對照采用Ion Proton測序平臺進行測序;得到的序列信息經(jīng)TS系統(tǒng)完成比對和變異讀出等常規(guī)分析，IR系統(tǒng)內置的分析模塊完成變異位點的生物學功能注釋及報告生成等重要步驟。對變異位點的注釋信息包括基因名稱、染色體位置、氨基酸變化、GO注釋、人群頻率及SIFT、Polyphen預測結果等，綜合考慮以上信息篩選變異位點并進行驗證，以探索可能與pSS相關變異位點及基因。
　　結果:
　　1.

5、通過NCBI-Gene數(shù)據(jù)庫檢索到可能與pSS相關的基因共171個，從WES結果中整理出位于這些基因區(qū)域內的變異，經(jīng)篩選后對其中驗證無誤的5個變異位點，包括ETS1 c.*3297G＞A、DARC c.205C＞T、DARC c.131G＞A、KIR2DL1g.55295367G＞A和KIR2DL3 c.686C＞T在80例散發(fā)病例及146例健康對照中直接測序，這五個位點的分型結果顯示等位基因頻率及基因型分布差異無統(tǒng)計學意義（P＞0.0

6、5）.
　　2、通過對WES數(shù)據(jù)的分析，篩選到25個罕見變異位點(MAF＜0.01)，這些位點在6例對照中均未發(fā)現(xiàn)。對這25個位點所在基因進行功能富集分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP, OAS1富集到Influenza A(P＜0.05)、Herpes simplex infection(P＜0.05)及Hepatitis B(P＜0.05)信號通路。
　　結論:
　　1、在中國漢族人群中位點ETS1 c.*3297G

7、＞A、DARC c.205C＞T、DARCc.131G＞A、KIR2DL1 g.55295367G＞A和KIR2DL3c.686C＞T可能與pSS不相關。
　　2、通過對本研究中發(fā)現(xiàn)的25個罕見變異所在基因進行功能分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP、OAS1可能是pSS易感基因，但仍需驗證進行確認。
　　第二部分 中國漢族婦女子癇前期的候選基因關聯(lián)研究。
　　目的:
　　子癇前期（Preeclampsia，PE）是

8、發(fā)生于妊娠期20周以后，以新發(fā)高血壓和蛋白尿為發(fā)病特征的妊娠期高血壓疾病。PE被認為是一種胎盤源性疾病，患者在胎盤娩出后常很快緩解或可自愈。發(fā)病機制目前尚不清楚，其病理過程主要涉及遺傳因素、免疫因素、胎盤缺血、內皮細胞損傷及氧化應激。本研究以181例PE患者（病例組）及203例健康孕婦（對照組）作為研究對象，對2q14.2區(qū)域的三個SNP位點rs12711941、rs7576192、rs7579169，分別位于基因ANG-1、SOD2、

9、SOD3的SNP位點rs2507800、rs4880、rs1799895及TIMP3基因的9個tagSNP位點與中國漢族婦女PE的相關性進行了分析，以期發(fā)現(xiàn)與中國漢族婦女PE相關的位點及基因。
　　方法:
　　抽取181例PE患者及203例健康孕婦的外周血，提取基因組DNA，采用飛行時間質譜法對以上15個位點進行基因分型。采用SPSS12.0對分型結果進行統(tǒng)計分析，計算每個位點的等位基因頻率及基因型頻率在PE患者及健康孕婦中

10、是否存在差異。
　　結果:
　　rs7579169位點等位基因頻率在兩組間有差異(P=0.02， OR=1.44，95％CI1.05-1.98)，在顯隱性及加性模型下分別對該位點進行分析，結果顯示在顯性模型下PE組與對照組存在差異（P=0.040，OR=2.278）。SNP位點rs7576192、rs12711941等位基因頻率及基因型頻率在病例組及對照組間均無統(tǒng)計學差異(P=0.12，P=0.37)，分別在顯性、隱性及加性

11、模型下對這兩個位點進行分析，兩組間均無統(tǒng)計學差異。對位點rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型進行分析，結果顯示單體型GGC和GGT在PE患者及對照組間均存在差異(P=0.030，P=0.046)。多態(tài)位點rs2507800、rs4880、rS1799895等位基因頻率和基因型頻率在兩組間無統(tǒng)計學差異。對位點rs2507800、rs4880分別在顯隱性模型下進行分析，仍無統(tǒng)計學差異。對TIMP基因9個t

12、agSNP的分析顯示，這些位點的等位基因頻率在兩組間無差異，但多次分娩（＞3次）的PE患者亞組與對照組相比，rs135025位點基因型分布在加性模型及顯性模型下差異有統(tǒng)計學意義(P=0.018，P=0.008)。位點rs80272基因型分布在加性模型及顯性模型下，重度子癇前期組與對照組相比有統(tǒng)計學差異(P=0.014，P=0.041)。對這9個tagSNP(rs135025、rs135029、rs137487、rs241890、rs24

13、2078、rs5754312、rs715572、rs80272和rs9609643)位點進行單體型分析，發(fā)現(xiàn)單體型ACGTAAGCG在PE組與對照組間差異有統(tǒng)計學意義(P=0.035)。
　　結論:
　　rs7579169與PE相關，rs7576192及rs12711941與PE不相關;rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型GGC和GGT與PE相關?；騎IMP3的9個tagSNP位點均與P