基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析小鼠心肌細(xì)胞直接重編程的分子機(jī)制.pdf

1、成年哺乳動物的心肌細(xì)胞再生能力非常有限，目前的醫(yī)療手段尚不能完全修復(fù)損傷的心肌組織。2010年Ieda等首次利用三種轉(zhuǎn)錄因子(Gata4，Mef2c和Tbx5)成功地將心肌成纖維細(xì)胞直接重編程為心肌樣細(xì)胞，這種細(xì)胞具有與心肌細(xì)胞極為相似的表型，而且與體外的細(xì)胞直接重編程相比，在小鼠體內(nèi)的轉(zhuǎn)化實驗還具有更高的轉(zhuǎn)化效率。本研究旨在從分子水平揭示小鼠成纖維細(xì)胞直接重編程為心肌細(xì)胞的轉(zhuǎn)化機(jī)制，為誘導(dǎo)心肌細(xì)胞的再生提供新思路。
　　方法:在

2、公共基因芯片數(shù)據(jù)庫(GEO)中下載小鼠(Mus musculus)心肌細(xì)胞直接重編程相關(guān)的基因芯片數(shù)據(jù)共4組，篩選得到成纖維細(xì)胞樣本數(shù)24例作為對照組，誘導(dǎo)性心肌細(xì)胞樣本數(shù)43例作為實驗組。利用統(tǒng)計軟件R3.1.1采用Rankprod算法（P＜0.05，IgFC|＞1）獲得心肌細(xì)胞直接重編程過程中的差異表達(dá)基因，利用DAVID、ToppGene、 STRING等在線工具對差異表達(dá)基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析。
　　結(jié)果:通過對4組數(shù)據(jù)進(jìn)

3、行統(tǒng)計分析，最終篩選出210個心肌細(xì)胞直接重編程過程的差異表達(dá)基因，包括115個表達(dá)上調(diào)基因，95個表達(dá)下調(diào)基因。進(jìn)一步的生物信息學(xué)分析主要是解讀差異基因在心肌細(xì)胞直接重編程過程中的生物學(xué)意義，綜合分析后發(fā)現(xiàn)Fabp4等基因以及橫紋肌收縮信號通路等在直接重編程過程中可能起著重要作用。
　　綜上所述，本研究通過對基因芯片表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析，發(fā)現(xiàn)Fabp4等基因與橫紋肌收縮等信號通路在心肌細(xì)胞直接重編程過程可能起著關(guān)鍵的作用。這些