長(zhǎng)鏈非編碼RNA遺傳變異與結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)的分子流行病學(xué)研究.pdf

1、目的：
　　結(jié)直腸癌(colorectal cancer，CRC)是最常見(jiàn)的消化系統(tǒng)惡性腫瘤之一。據(jù)國(guó)際癌癥研究中心統(tǒng)計(jì)，2012年全球約有結(jié)直腸癌新發(fā)病例136萬(wàn)例，結(jié)直腸癌死亡病例69萬(wàn)例。近幾十年來(lái)，結(jié)直腸癌發(fā)病率在全球的分布情況發(fā)生了很大的變化，我國(guó)在上世紀(jì)仍屬于結(jié)直腸癌低發(fā)國(guó)家，然而，隨著經(jīng)濟(jì)社會(huì)的發(fā)展和生活方式的轉(zhuǎn)變，結(jié)直腸癌的發(fā)病率呈現(xiàn)明顯的上升趨勢(shì)，已成為嚴(yán)重威脅我國(guó)居民健康和生命質(zhì)量的重大公共衛(wèi)生問(wèn)題。
　

2、　結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展是環(huán)境因素與遺傳因素共同作用下的多階段、多步驟的過(guò)程?；蚪M的遺傳變異，可通過(guò)改變基因結(jié)構(gòu)而影響其功能，從而在環(huán)境因素的作用下發(fā)揮不同的效應(yīng)，導(dǎo)致個(gè)體結(jié)直腸癌易感性發(fā)生改變。長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long non-coding RNA，lncRNA)是一類長(zhǎng)度在200nt～100kb之間的不編碼或很少編碼蛋白質(zhì)的RNA分子。鑒于其保守的二級(jí)結(jié)構(gòu)、剪切形式、亞細(xì)胞定位，及其在多種層面上調(diào)控蛋白編碼基因的表達(dá)水平和在腫瘤細(xì)胞

3、增殖、凋亡、遷移等腫瘤發(fā)生發(fā)展過(guò)程中所起的重要生物學(xué)功能，lncRNA遺傳多態(tài)位點(diǎn)中的某些位點(diǎn)可能與結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展相關(guān)，可作為結(jié)直腸癌遺傳易感性評(píng)價(jià)的生物標(biāo)志物。
　　方法：
　　本研究采用了最新的生物信息學(xué)方法，系統(tǒng)研究基因組lncRNA遺傳多態(tài)位點(diǎn)的分布特征，并在浙江省嘉善縣通過(guò)以自然人群為基礎(chǔ)的兩階段病例對(duì)照研究設(shè)計(jì)，分析lncRNA遺傳多態(tài)性與結(jié)直腸癌發(fā)病之間的關(guān)聯(lián)。病例對(duì)照的納入分為兩個(gè)階段，一階段共納入病例對(duì)

4、照320例和319例;二階段共納入結(jié)直腸癌病例501例和538例。研究采用現(xiàn)場(chǎng)入戶問(wèn)卷調(diào)查方法，通過(guò)面對(duì)面的訪談獲取研究對(duì)象相關(guān)信息，建立數(shù)據(jù)庫(kù)。同時(shí)收集外周靜脈血5 ml，抽提基因組DNA，采用基于Sequenom平臺(tái)的MassARRAY對(duì)篩選出的102個(gè)lncRNA遺傳多態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行分型檢測(cè)。本研究統(tǒng)計(jì)分析過(guò)程主要采用了SAS9.2、Stata11.2以及R2.13.0等統(tǒng)計(jì)軟件。
　　結(jié)果：
　　本研究?jī)呻A段合并病例對(duì)照

5、研究最終納入分析的研究對(duì)象為病例組821例，對(duì)照組857例。病例組和對(duì)照組在婚姻狀況、家族腫瘤史以及飲茶情況的分布上存在有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的差異，在性別、年齡、BMI、職業(yè)、教育程度、吸煙以及飲酒情況上未見(jiàn)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的差異。
　　應(yīng)用最新的人類lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)和課題組前期研究基礎(chǔ)中獲得的lncRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)的相關(guān)信息，建立信息完備的基因組lncRNA SNPs數(shù)據(jù)庫(kù)和結(jié)直腸癌潛在相關(guān)lncRNA SNPs數(shù)據(jù)庫(kù)。對(duì)篩選出的遺傳多

6、態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)分型的結(jié)果如下:RP11-650L12.2 rs149941240多態(tài)位點(diǎn)不同基因型的分布與直腸癌風(fēng)險(xiǎn)呈正相關(guān)，與TTCC/TTCC基因攜帶者相比，rs149941240 TTCC/DEL基因型攜帶者發(fā)生結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)升高47.1％，TTCC/DEL基因型和DEL/DEL基因型攜帶者發(fā)生結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)升高40.6％。RP11-392P7.6 rs10845671多態(tài)位點(diǎn)不同基因型的分布與直腸癌風(fēng)險(xiǎn)呈正相關(guān)，與CC基因攜帶者

7、相比，rs10845671 CA基因型攜帶者發(fā)生結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)升高41.6％。RP5-884M6.1 rs60226884和rs10250402多態(tài)位點(diǎn)不同基因型的分布也與直腸癌風(fēng)險(xiǎn)呈正相關(guān)，與T/T基因攜帶者相比，rs60226884 T/DEL基因型攜帶者發(fā)生結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)升高32.8％;與GG基因攜帶者相比，rs10250402GT基因型攜帶者發(fā)生結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)升高34.3％。此外，RP11-3N2.1 rs13230517多態(tài)位

8、點(diǎn)不同基因型的分布與直腸癌風(fēng)險(xiǎn)呈負(fù)相關(guān)，與GG基因攜帶者相比，rs13230517GA基因型攜帶者發(fā)生結(jié)直腸癌的風(fēng)險(xiǎn)降低26.1％。按吸煙、飲酒和飲茶等生活方式特征進(jìn)行分層分析后發(fā)現(xiàn)，lncRNA基因多態(tài)性與上述生活方式特征之間存在交互作用。
　　結(jié)論：
　　本研究分析了lncRNA遺傳多態(tài)性與人群結(jié)直腸癌易感性的關(guān)聯(lián)。主要研究結(jié)論如下:
　　(1)基因組lncRNA SNPs數(shù)據(jù)庫(kù)中共有11780個(gè)lncRNA上的8

9、01173個(gè)SNP位點(diǎn);結(jié)直腸癌潛在相關(guān)lncRNA SNPs數(shù)據(jù)庫(kù)中共有1065個(gè)lncRNA上的65805個(gè)SNP。
　　(2)lncRNARP11-650L12.2 rs149941240，RP11-392P7.6 rs10845671,RP5-884M6.1 rs60226884、rs10250402不同基因型的分布會(huì)增加結(jié)直腸癌的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn);RP11-3N2.1 rs13230517的遺傳多態(tài)位點(diǎn)不同基因型的分布會(huì)降低結(jié)直