有效提高非模式生物蛋白質(zhì)組鑒定的新策略——逐次修正基因組法.pdf

1、隨著人類基因組計劃的實施和推進,蛋白質(zhì)組學的研究也越來越受到科研人員的關注。現(xiàn)階段液相質(zhì)譜串聯(lián)質(zhì)譜法成為了蛋白質(zhì)鑒定的核心技術。但是此項技術高度依賴于已有的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫,很難應用于新蛋白的發(fā)現(xiàn)與研究。因此,這種方法嚴重阻礙了未知基因組的非模式生物蛋白質(zhì)組的研究與發(fā)展。針對上述情況,我們提出了一個新策略。該方法可以利用已有的基因組數(shù)據(jù)庫來不斷完善未知基因組生物的基因組信息,從而獲得這些生物的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫用于后續(xù)的蛋白質(zhì)組分析和研究。

2、r>　　新策略運用了我們自主開發(fā)的、穩(wěn)定、精確、容錯率高的FANSe高速序列比對算法(Fast and Accurate mapping tool for Nucleotide Sequencing datasets)逐次修正已知近緣物種的基因組,以期獲得研究物種的真實基因組。實驗中,我們提取了一株沒有完整參考基因組的短小芽孢桿菌(Bacillus pumilus)菌株的DNA進行了全基因組測序,并提取了該菌株的全蛋白進行了質(zhì)譜鑒定。為

3、了有效的評估修正后基因組對于蛋白質(zhì)組研究的影響,我們采用了修正前后兩種蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫對實驗菌株全蛋白的質(zhì)譜鑒定結(jié)果進行了MASCOT搜庫。結(jié)果顯示:與原始庫相比,修正庫能夠提高11.5％的蛋白鑒定率和14.2%的肽段鑒定率。
　　研究表明,基于新策略得到的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫能夠明顯的提高肽段和蛋白質(zhì)的鑒定效率。更重要的是,新策略能夠鑒定氨基酸序列的突變,從而發(fā)現(xiàn)肽段和蛋白質(zhì)的變異。新策略對于非模式生物蛋白質(zhì)組的研究將具有極大的促進作用以及