深海沉積物細(xì)菌pseudoalteromonassp.sm9913和myroidesprofundid25胞外蛋白酶對(duì)有機(jī)氮降解的作用機(jī)制研究

1、分類號(hào)：Q 9 3密級(jí)：公開(kāi)單位代碼：J 0 4 2 2學(xué) 號(hào)：2 0 0 9 1 1 5 6 9＼) - 莨' ．太S H A N D O N G U N l V E R S l T Y博士學(xué)位論文D i s s e r t a t i o nf o rD o c t o r a lD e g r e e論文題目： 深海沉積物細(xì)菌P s e u d o a l t e r o m o n a s s p ．S M 9 9 1

2、3 和M y r o i d e s p r o f u n d i D 2 5 胞外蛋白酶對(duì)有機(jī)氮降解的作用機(jī)制研究M e c h a n i s m sf o r D e g r a d a t i o no f D e e p S e a O r g a n i c N i t r o g e nb yE x t r a c e l l u l a r E n z y m e s f r o m S e d i m e n t B

3、 a c t e r i aP s e u d o a l t e r o m o n a ss p ．S M 9 9 1 3 a n d M y r o i d e s p r o f u n d i D 2 5作者 姓 名培養(yǎng) 單 位專業(yè) 名 稱指導(dǎo) 教 師合作 導(dǎo) 師冉麗嬡生命科學(xué)學(xué)院微生物學(xué)張玉忠教授陳秀蘭教授2 014 年6 月7 日山東大學(xué)博士學(xué)位論文目錄摘要?????????????????????????????????

4、???????????????一IA b s t r a c t ．．．．．．．．．．．?．．．．??????????????????．．?．．．．．．?．?????????．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．V 1 I縮略詞表?????????????????????????????????一X I I I第一章研究背景及立題依據(jù)??????????????????????????．11 ．1 研究背景???????????

5、????????????????????．11 ．1 ．1 海洋生態(tài)環(huán)境及其氮循環(huán)機(jī)制???????????????????．11 ．1 ．2 蛋白酶的定義及分類???????????????????????．31 ．1 ．3 絲氨酸蛋白酶??????????????????????????．41 ．1 ．4 膠原蛋白與膠原蛋白酶??????????????????????1 11 ．2 立題依據(jù)與研究?jī)?nèi)容???????????????

6、???????????2 01 ．2 ．1 立題依據(jù)????????????????????????????2 01 ．2 ．2 研究?jī)?nèi)容????????????????????????????2 1第二章絲氨酸蛋白酶d e s e a s i n M C P ．O l 識(shí)別和降解膠原蛋白的分子機(jī)制研究?????．2 32 ．1 引言????????????????????????????????．．2 32 ．2 材料和方法?????

7、????????????????????????。2 42 ．2 ．1 菌株及質(zhì)粒???????????????????????????2 42 ．2 ．2 主要藥品和試劑盒????????????????????????2 42 ．2 ．3 主要儀器設(shè)備及耗材???????????????????????2 52 ．2 ．4 培養(yǎng)基的配制??????????????????????????2 62 ．2 ．5 菌株的培養(yǎng)與保藏????

8、????????????????????2 62 ．2 ．6 常用軟件、數(shù)據(jù)庫(kù)及在線網(wǎng)址???????????????????2 72 ．2 ．7 突變體構(gòu)建及蛋白酶的異源表達(dá)和純化???????????????2 72 ．2 ．8 蛋白酶活性測(cè)定?????????????????????????2 82 ．2 ．9 A F M 觀察M C P - 0 I 及突變體蛋白對(duì)牛I 型不可溶膠原蛋白的降解過(guò)程??2 92 ．2 ．1 0 M

9、C P ．0 1 及突變體蛋白對(duì)膠原蛋白纖維中關(guān)鍵交聯(lián)作用的破壞?????2 92 ．2 ．1 l M C P - 0 1 催化結(jié)構(gòu)域?qū)扇苣z原蛋白分子的降解???????????3 02 ．2 ．1 2M C P ．0 1 催化結(jié)構(gòu)域在牛I 型不可溶膠原蛋白肽鏈上的酶切位點(diǎn)分析??3 02 ．2 ．1 3 底物結(jié)合口袋中影響M C P ．0 1 降解膠原蛋白位點(diǎn)偏好性的關(guān)鍵氨基酸分析??????????????????????????

10、???????????????????．．：；( )2 ．3 結(jié)果與分析?????????????????????????????．．3 12 ．3 ．1 M C P ．0 1 對(duì)牛I 型不可溶膠原蛋白降解過(guò)程的A F M 觀察????????3 l2 ．3 ．2M C P ．0 1 催化結(jié)構(gòu)域?qū)δz原蛋白纖維中關(guān)鍵交聯(lián)作用的破壞??????．3 32 ．3 ．3 M C P ．0 l 催化結(jié)構(gòu)域的晶體結(jié)構(gòu)解析??????????????

11、??．3 42 ．3 ．4M C P ．0 1 催化結(jié)構(gòu)域?qū)扇苣z原蛋白分子的降解???????????．3 52 ．3 ．5M C P ．O l 與S u b t i l i s i n C a r l s b e r g 的分子結(jié)構(gòu)比較????????????3 72 ．3 ．6M C P ．0 1 催化結(jié)構(gòu)域識(shí)別和降解膠原蛋白底物的分子機(jī)制???????．3 82 ．3 ．7M C P ．0 l 催化結(jié)構(gòu)域在牛l 型不可溶膠原蛋白

12、肽鏈上的酶切位點(diǎn)分析??．．4 32 ．3 ．8 底物結(jié)合口袋中影響M C P ．0 l 降解膠原蛋白位點(diǎn)偏好性的關(guān)鍵氨基酸分析4 72 ．4 討論???????????????????????????????????????????．4 8第三章深海沉積物細(xì)菌M y r o i d e s p r o f u n d i D 2 5 分泌的蛋白酶m y r o i c o l s m 的分離純化及酶學(xué)性質(zhì)研究?????????????