IBV中國分離株mRNA5及mRNA6 5′端獨(dú)特區(qū)基因遺傳變異分析.pdf

1、該研究從中國四川省一疑似雞傳染性支氣管炎(Avian infectious bronchitis virus,IB)的雛雞病料中成功分離到一株雞傳染性支氣管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV)(命名為SC).病毒經(jīng)雞胚傳代、血凝實(shí)驗(yàn)監(jiān)測和負(fù)染電鏡檢查,證實(shí)為IBV.采用自行設(shè)計(jì)的引物經(jīng)反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Reverse-translation polymerase-chain reaction,RT

2、-PCR)技術(shù)擴(kuò)增得到了SC株、HN株(河南分離株)mRNA 5 cDNA(可編碼重疊的5a、5b兩個(gè)蛋白)及SC、HN、HLJ(黑龍江分離株)、SD(山東分離株)、AH(安徽分離株)五株IBV mRNA 6 cDNA(編碼N蛋白).應(yīng)用DNAstar 5.06,Clustal 1.8,Antheprot5.0分析軟件將克隆測序的5a,5b蛋白基因和N蛋白基因分別與GeneBank中14株國內(nèi)外參考毒株進(jìn)行序列比較分析和基因同源性分析,

3、繪制了5a、5b和N基因的進(jìn)化樹,同時(shí)描述了核蛋白的抗原表位、疏水性等基本特性.結(jié)果如下:1.對5a基因核苷酸、氨基酸進(jìn)行了序列同源性和系統(tǒng)進(jìn)化樹分析,結(jié)果明:SC、HN兩毒株間有較近的親緣關(guān)系,在同一進(jìn)化群內(nèi),兩毒株間5a基因核苷酸和氨基酸的同源性均較高;兩毒株與國內(nèi)外參考毒株相比存在多處獨(dú)特的點(diǎn)突變,導(dǎo)致相應(yīng)區(qū)域的氨基酸發(fā)生改變;在5a基因核苷酸及推導(dǎo)的氨基酸同源性上,SC株、HN株與H52疫苗株較高,推測5a基因的遺傳變異與該疫苗

4、株的應(yīng)用可能有一定關(guān)系.2.對5b基因核苷酸、氨基酸序列同源性分析表明:在5b基因核苷酸及氨基酸同源性上,HN株與SC株間最高;HN和SC株5b基因核苷酸及推導(dǎo)的氨基酸同源性均明顯高于5a基因,其它參考毒株的5a和5b序列分析亦如此,說明5b基因的保守性要高于5a基因;對5 b基因進(jìn)化樹分析表明,SC株、HN株親緣關(guān)系較近,進(jìn)化過程中發(fā)生的變異可能相似.3.從序列同源性、進(jìn)化樹及二級結(jié)構(gòu)預(yù)測三個(gè)方面分析了相對保守的N基因的遺傳變異,結(jié)果

5、表明:HN、SC、AH三個(gè)分離株N基因的變異相似,SD、HLJ兩個(gè)分離株的變異相似;HN、SC、AH三個(gè)分離株的變異獨(dú)特,明顯不同于國內(nèi)外參考毒株,推測該三個(gè)毒株具有共同的起源,但其確切的起源還需要分析最能反映IBV田間進(jìn)化的S1基因的變異情況;HN、SC、AH株三個(gè)分離株在起源相同,進(jìn)化相似的可能情況下在病毒與宿主、病毒與環(huán)境的相互作用等選擇壓力下進(jìn)行著不同程度的衍化而在基因的局部區(qū)域具備了各自的特征.綜上所述,該文分析了HN、SC兩