白菜參考遺傳圖譜的構(gòu)建.pdf

1、白菜類作物是一種重要的經(jīng)濟作物，也是研究基因組多倍化和形態(tài)演化的模式植物。國際白菜基因組測序項目于2003年啟動，新一代測序技術(shù)在2008年成功應(yīng)用于白菜測序過程中。已經(jīng)發(fā)表的有關(guān)指導(dǎo)白菜染色體組裝的遺傳連鎖圖譜，僅能將73.6％的scaffold錨定到染色體上。因此，構(gòu)建一個更好覆蓋基因組的遺傳連鎖圖譜用以指導(dǎo)白菜染色體的組裝是非常必要的。InDel(insertion-deletion length polymorphism，插入缺

2、失長度多態(tài)性)標記是一種基于基因組序列的新型分子標記類型，具有標記特異性高、穩(wěn)定性好、檢測方法簡單、經(jīng)濟等優(yōu)點?；谌蚪M測序的InDel標記開發(fā)能夠開發(fā)出大量在基因組中均勻分布的分子標記，為高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建、控制重要農(nóng)藝性狀的目的基因的精細定位和功能基因的圖位克隆奠定堅實基礎(chǔ)。
　　 本研究利用白菜重測序序列開發(fā)的InDel標記，構(gòu)建了一個高密度白菜遺傳連鎖圖譜，該圖譜可作為白菜基因組組裝、染色體錨定的參考圖譜。此連

3、鎖圖譜的開發(fā)和構(gòu)建對白菜基因組序列信息和遺傳信息的整合將發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。主要結(jié)果如下：
　　 1.以六個有代表性的白菜品系為材料，從PCR反應(yīng)體系、反應(yīng)程序和標記檢測體系等方面的對InDel分子標記技術(shù)進行優(yōu)化，最終建立了一套完善的適用于白菜類作物的InDel標記檢測體系。
　　 2.本試驗所獲得的RCZ16_DH群體白菜類作物遺傳連鎖參考圖譜由507個序列特異性分子標記組成，其中InDel標記415個，SSR標記

4、92個。覆蓋基因組總長度為1234.2cM，標記間平均圖距為2.43cM，標記間平均物理距離為559.8kbp，整個連鎖圖中的平均標記數(shù)為0.41個/cM，是目前最飽和的白菜參考遺傳連鎖圖譜。
　　 3.利用構(gòu)建的RCZ16_DH群體參考遺傳圖譜能將152個scaffold(235Mb)錨定到白菜染色體中，覆蓋白菜組裝基因組的82.9％。該圖譜成功應(yīng)用在指導(dǎo)白菜染色體的組裝過程中，結(jié)合之前發(fā)表的VCS_DH、JWF3P和CKDH