兩品種豬快慢肌纖維差異表達(dá)基因鑒定與通路分析.pdf

1、豬肉是我國(guó)肉類蛋白質(zhì)食物的主要來源之一，養(yǎng)豬業(yè)在我國(guó)農(nóng)業(yè)中占有舉足輕重的地位。肉質(zhì)受到肌纖維性狀的影響，其中，肌纖維類型被認(rèn)為是影響肉質(zhì)的重要因素之一。遺傳背景及人工選育方式的不同，造成了中外豬種在生產(chǎn)性狀方面存在很大的差異。陸川豬作為我國(guó)特有的豬種資源，具有肉質(zhì)優(yōu)良的種質(zhì)特性;大白豬作為西方豬種的代表性品種，雖然在生長(zhǎng)速度方面具有優(yōu)勢(shì)，但是其相對(duì)較差的肉品質(zhì)已不滿足于消費(fèi)者的需求。通過高通量測(cè)序的技術(shù)來分析品種間/不同特性的肌肉間的差

2、異是一種高效科學(xué)的方法，對(duì)轉(zhuǎn)錄組的分析，可以讓我們知道究竟是哪些基因或者通路造成了這些性狀上的差異。本研究通過對(duì)品種間以及快慢肌間進(jìn)行了表型和轉(zhuǎn)錄組差異的分析，初步探索了產(chǎn)生差異的原因，為培育出符合畜牧業(yè)發(fā)展需求的優(yōu)秀豬品種提供了素材。
　　主要研究結(jié)果如下:
　　1、運(yùn)用石蠟切片、HE染色、免疫組織化學(xué)技術(shù)，對(duì)陸川豬和大白豬的比目魚肌、趾長(zhǎng)伸肌、股二頭肌和背最長(zhǎng)肌進(jìn)行了肌纖維表型的試驗(yàn)與分析。結(jié)果顯示，在這四塊肌肉中陸川豬

3、肌纖維直徑均顯著小于大白豬。在品種間的比較中，比目魚肌和背最長(zhǎng)肌中慢肌纖維所占比例，陸川豬要顯著低于大白豬，但是趾長(zhǎng)伸肌和股二頭肌中慢肌纖維比例，陸川豬卻要顯著高于大白豬;在陸川豬上，慢肌纖維的比例:股二頭?。颈饶眶~?。局洪L(zhǎng)伸?。颈匙铋L(zhǎng)肌;大白豬上，慢肌纖維的比例:比目魚?。颈匙铋L(zhǎng)肌＞股二頭?。局洪L(zhǎng)伸肌。
　　2、運(yùn)用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，成功對(duì)陸川豬和大白豬的比目魚肌和趾長(zhǎng)伸肌進(jìn)行了RNA-Seq建庫測(cè)序，數(shù)據(jù)質(zhì)檢合格后對(duì)基因的

4、表達(dá)水平進(jìn)行了分析。結(jié)果顯示，各分組間基因整體表達(dá)量基本相同;在所有樣本中，大約有超過24，500個(gè)基因表達(dá)，其中有16，404個(gè)基因在所有樣本中表達(dá);品種特異性表達(dá)的基因，陸川豬中有825個(gè)，大白豬有366個(gè)，而在兩品種內(nèi)均表達(dá)的基因有17，248個(gè);所有樣本中，轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)剪切、轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)(TTS)剪切是兩種分布最多的剪切類型，在所有樣本中約占總可變剪切事件的80％。
　　3、對(duì)各比較組進(jìn)行了差異表達(dá)基因的篩選，最

5、終得到了的差異表達(dá)基因中有754個(gè)已知基因;在這些基因中，有229個(gè)基因在品種間兩個(gè)比較組中均差異表達(dá);有14個(gè)基因在肌肉間兩個(gè)比較組中均差異表達(dá)，為三個(gè)比較組所共有的基因共有20個(gè)，已知基因有17個(gè)。
　　4、對(duì)篩選出的差異表達(dá)基因以比較組為單位，分別進(jìn)行GO分析，分別有59(YSOL vs YEDL)、32(LEDL vs YEDL)和77(LSOLvs YSOL)個(gè)GO term被富集。這些被顯著富集到的GO term包括一

6、些與肌肉骨骼生長(zhǎng)發(fā)育(muscle organdevelopment、skeletal system development、skeletal muscle tissue development)、能量代謝相關(guān)(gluconeogenesis、lipid storage、monosaccharide metabolic process)和離子轉(zhuǎn)運(yùn)（metal ion transport、organic anion transport）等

7、生物學(xué)過程;hexose metabolicprocess、 glucose metabolic proces、 monosaccharide metabolic process、 rhythmicprocess，這四個(gè)GO term在三個(gè)比較組中均被富集。
　　5、對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG分析后發(fā)現(xiàn)，四個(gè)比較組的差異表達(dá)基因最終分別顯著富集到了16(LSOLvsYSOL)、11(LEDLvsYEDL)、4(LSOLvsLEDL