基于生物學(xué)通路的差異表達(dá)基因檢測.pdf

1、生命科學(xué)正在經(jīng)歷大數(shù)據(jù)的時代，數(shù)據(jù)庫的大小正以指數(shù)形式增加.目前，數(shù)據(jù)庫包含了上百萬的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)和數(shù)以千計的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù).差異表達(dá)分析，即比較不同條件下的基因表達(dá)水平,現(xiàn)已成為尋找生物標(biāo)記，目標(biāo)靶向和候選基因的主要工具.傳統(tǒng)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析是以單個基因?yàn)閱挝?，這忽略了基因間復(fù)雜的相關(guān)性和協(xié)同機(jī)制.忽視潛在的生物學(xué)信息不僅使分析的功效降低，而且不易發(fā)現(xiàn)隱藏的重要生物學(xué)信號.因此，基因集分析方法更加適用于高維的基因數(shù)據(jù).
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2、本篇論文中，我們研究的是兩組與疾病相關(guān)的差異通路檢測方法:傳統(tǒng)的Hotelling's T2檢驗(yàn)、對角線Hotelling's T2檢驗(yàn)和修正的Hotelling's T2檢驗(yàn).傳統(tǒng)的Hotelling's T2統(tǒng)計量要求樣本數(shù)大于變量數(shù).然而，對于基因集分析，樣本數(shù)普遍小于基因個數(shù).結(jié)果導(dǎo)致Hotelling's T2統(tǒng)計量的值不唯一.對角線的Hotelling'sT2統(tǒng)計量忽視協(xié)方差陣S的非對角線元素雖然能夠解決協(xié)方差陣的奇異問題，