太行雞Agouti基因及其與若干生產(chǎn)性能的關(guān)聯(lián)性分析.pdf

1、Agouti基因在畜禽的毛色合成過(guò)程中扮演著重要的角色。本文首先采用生物信息學(xué)分析方法，對(duì)來(lái)自15個(gè)物種的71條Agouti基因完整編碼序列(CDS)進(jìn)行遺傳多樣性分析、雞Agouti基因啟動(dòng)子預(yù)測(cè);然后，采用PCR擴(kuò)增產(chǎn)物直接測(cè)序的方法，分別對(duì)Agouti基因3'UTR（太行雞麻羽、黑羽、白羽，羅曼雞，海蘭褐雞）和外顯子4（太行雞、靈山雞×太行雞）單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)篩

2、查和遺傳多樣性分析，并采用SNPs基因型頻率和單倍型等位基因頻率相結(jié)合的方法，分析Agouti基因SNPs與雞羽色、體尺指標(biāo)、屠宰性能的相關(guān)關(guān)系。其目的就在于探討Agouti基因的種間變異特征，預(yù)測(cè)雞Agouti基因啟動(dòng)子;另一方面篩查雞Agouti基因變異，研究其在不同羽色雞群體中的多態(tài)性以及與生產(chǎn)性能的相關(guān)性，從而為雞Agouti基因遺傳多樣性，太行雞新品種的選育提供參考依據(jù)。
　　 生物信息分析結(jié)果顯示:物種間Agouti

3、基因平均凈遺傳距離(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)分別為0.2256和0.2145。Agouti基因在拉布拉多白足鼠（Peromyscus maniculatus）和羊駝(Lama pacos)中具有最大的遺傳多樣性。通過(guò)比較平均凈遺傳距離(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)可知，哺乳動(dòng)物與斑馬魚的親緣關(guān)系比鳥類與斑馬魚的更近。雞Agouti基因啟動(dòng)子預(yù)測(cè)的區(qū)域位于起始密碼子上游2600bp-3000bp之間。
　　 雞Agouti

4、基因3'UTR共發(fā)現(xiàn)9個(gè)變異位點(diǎn)(g.1554591C＞A、g.1554621C＞A、g.1554693T＞C、g.1554694G＞A、g.1554788C＞T、g.1554798A＞G、g.1554806C＞A、g.1554712T＞C和g.1554767C＞G），其中兩個(gè)太行雞個(gè)體中新發(fā)現(xiàn)的位點(diǎn)(g.1554712T＞C和g.1554767C＞G)為稀有突變。太行雞麻羽和白羽個(gè)體的多態(tài)位點(diǎn)均處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)，但是黑羽個(gè)體除

5、了位點(diǎn)g.1554806C＞A外g為不平衡狀態(tài)。分析9個(gè)變異位點(diǎn)共得到6種單倍型，其中單倍型HAP1(AACATGATC)和HAP2(CCTGCAATC)為兩種主要的單倍型，其他單倍型均是以上兩種單倍型分化而成。分析顯示，有6個(gè)變異位點(diǎn)(g.1554591C＞A、g.1554621C＞A、g.1554693T＞C、g.1554694G＞A、g.1554788C＞T和g.1554798A＞G)處于完全連鎖狀態(tài)，命名為“位點(diǎn)2”。變異位點(diǎn)基

6、因型頻率比較發(fā)現(xiàn)，不同羽色太行雞間無(wú)顯著差異(p＞0.05);在位點(diǎn)2上，太行雞、羅曼雞和海藍(lán)褐雞之間存在顯著性差異(p＜0.01);在位點(diǎn)1(g.1554806C＞A)上，太行雞黑羽和麻羽個(gè)體與羅曼雞、海藍(lán)褐雞之間存在顯著性差異(p＜0.05)。相關(guān)性分析結(jié)果顯示，位點(diǎn)2與活體重和體尺（體斜長(zhǎng)、脛長(zhǎng)、骨盆寬、胸角、龍骨長(zhǎng)和脛圍）之間存在顯著相關(guān)，與屠宰性能（胸肌率和翅膀率）也存在顯著相關(guān)關(guān)系。
　　 太行雞(F0)和雜交一代（

7、F1，靈山雞×太行雞）Agouti基因外顯子4測(cè)序分析發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)0中發(fā)現(xiàn)了10個(gè)變異位點(diǎn)，F(xiàn)1中發(fā)現(xiàn)了8個(gè)變異位點(diǎn)。在F0中除了位點(diǎn)g.1554779T＞G外所有位點(diǎn)均未處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)，F(xiàn)1中所有多態(tài)位點(diǎn)處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)。在混合群體中共發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)連鎖位點(diǎn)(g.1554892G＞A和g.1554994T＞G)。對(duì)7個(gè)主要多態(tài)位點(diǎn)分析，共得到了7中單倍型，其中Hap5(TCATGTT)和Hap7(TTGCAGG)為兩種主要單