雞miRNA種子區(qū)多態(tài)位點篩選與miR-1657組織表達譜構建.pdf

1、本研究的主要目的是篩選雞miRNAs種子區(qū)的SNPs，并分析其SNPs對雞經(jīng)濟性狀的影響，及miRNA在雞的不同組織中的表達規(guī)律。本研究采用生物信息學方法篩選出雞miRNAs種子區(qū)的SNPs。以河南省家禽資源創(chuàng)新工程研究中心構建的固始雞-安卡雞F2代資源群的860個基因組DNA為研究材料，結合混合DNA池和基因組測序及PCR-RFLP的方法篩選在資源群中存在的miRNAs種子區(qū)的SNPs，并與資源群體的肉質性狀、生長性狀和屠體性狀等經(jīng)濟

2、性狀及血液生化指標進行關聯(lián)性分析;同時進行了各突變位點對其顯著相關性狀的加性效應與顯性效應研究，進而選擇對群體表型性狀有顯著影響的miRNAs-seed-SNP。用熒光定量PCR檢測目的miRNA與宿主基因在固始雞的不同發(fā)育階段不同組織中的特異性表達情況，并構建miRNA過表達載體，為miRNA的功能研究提供基礎。
　　本研究主要得到如下結果:
　　1、結合在線軟件預測及生物信息學分析，得到8個位于miRNAs種子區(qū)的突變。

3、
　　2、在固始雞-安卡雞F2代資源群體中檢測到3個突變位點，分別是gga-miR-1644(+3T＞C)，gga-miR-1614-3p(+5 G＞A)和gga-miR-1657(+6 G＞A)。群體遺傳學分析，顯示+3 T＞C位點在該資源群中不屬于多態(tài)位點(PIC＜0.1)。gga-miR-1614-3p(+5 G＞A)和gga-miR-1657(+6 G＞A)與家系群體的肉質性狀、生長性狀和屠體性狀等經(jīng)濟性狀及血液生化指標的

4、關聯(lián)分析結果表明，+6 G＞A位點分別與家系2和8周體重，12周脛圍，12周體斜長及4周骨盆寬及胸肌區(qū)域、胸肌縱橫比、胸肌飽滿度比率之間差異顯著(P＜0.05)，與4、6、10、12周齡體重及胸肌長度之間差異極顯著（P＜0.01）。+5 G＞A位點只與肉質性狀如胸肌剪切值、腿肌失水率(P＜0.05)和腹脂重（P＜0.01）顯著相關，和屠體性狀如翅重、肝臟重和心臟重顯著相關(P＜0.05)。+6 G＞A位點與體重和肉質性狀及大部分的屠體性

5、狀的加性效應顯著(P＜0.05)。
　　3、miR-1657及其宿主基因Rab38在固始雞2周齡和36周齡不同組織中的差異表達分析結果表明:miR-1657在空腸、腺胃、大腦、心臟、肌胃、下丘腦、胸肌、和肺臟中的表達量2周齡顯著高于36周齡(P＜0.05)，在下丘腦的相對表達量最高，組織特異性最強。宿主基因Rab38在腎臟中的表達量2周齡顯著高于36周齡(P＜0.05)，而且Rab38在下丘腦、空腸、腺胃、心臟和腿肌中的表達趨勢與