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文檔簡介
1、研究背景及目的:疣狀癌是一種具有特殊臨床特征、生物形態(tài)學(xué)及細(xì)胞動(dòng)力學(xué)特征的惡性腫瘤,1948年Ackerman首次將它作為獨(dú)立的實(shí)體瘤從鱗狀細(xì)胞癌中劃分出來并予以命名,發(fā)生于口腔的疣狀癌稱口腔疣狀癌(oral verrucous carcinoma, OVC)。本課題組自1992年開始對OVC進(jìn)行了系列研究,2004年采用BiostarH-40S型含有3900個(gè)基因的芯片進(jìn)行了OVC基因表達(dá)的初步篩選并與口腔鱗癌(oral squamo
2、us cell carcinoma,OSCC)進(jìn)行對比研究發(fā)現(xiàn),OVC與自身對照正常粘膜(OVC-N)及OSCC間存在多個(gè)差異表達(dá)基因。但此前的研究芯片通量較低,為了進(jìn)一步研究OVC的臨床生物學(xué)特征、以及生物學(xué)行為機(jī)理,本研究應(yīng)用全基因組寡核苷酸及miRNA芯片技術(shù)對OVC、OSCC及其相應(yīng)的癌旁(Paracancerous tissue of OVC,OVC-P、Paracancerous tissue of OSCC,OSCC-P)
3、及正??谇火つ?normal mucosa tissue of OVC,OVC-N、normal mucosa tissue of OSCC,OSCC-N)進(jìn)行了全基因組基因及miRNA表達(dá)譜構(gòu)建并進(jìn)行生物信息學(xué)分析;為篩選出決定OVC主要生物學(xué)行為的基因及miRNA做前期準(zhǔn)備,為建立具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的OVC診斷用基因芯片奠定良好基礎(chǔ),并能更好的研究其與OSCC在發(fā)病機(jī)制方面的區(qū)別,以達(dá)到更好的指導(dǎo)臨床診斷和治療,提高OVC早期診斷率和
4、治愈好轉(zhuǎn)率的目的。
方法:運(yùn)用人類全基因組寡核苷酸芯片Human Genome U133 Plus2.0 Array以及miRNA微陣列芯片技術(shù)對5例OVC、6例OSCC及相應(yīng)患者的癌旁、正??谇火つそM織進(jìn)行全基因組表達(dá)譜及miRNA表達(dá)譜(miRNA芯片OVC補(bǔ)充至6例)研究,篩選出差異表達(dá)基因及差異表達(dá)miRNA。運(yùn)用RT-PCR分別檢測5例OVC、OSCC及相關(guān)癌旁和正常黏膜組織中MMP1、SERPINE1、MAL、
5、DNASEl L3的表達(dá),分析其間的表達(dá)差異,以驗(yàn)證芯片的檢測結(jié)果。進(jìn)一步運(yùn)用生物信息學(xué)方法對差異基因進(jìn)行二次篩選,初步探討差異基因及miRNA的功能,并運(yùn)用IPA分析軟件對差異基因進(jìn)行通路和基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控圖分析。
結(jié)果:芯片雜交結(jié)果符合質(zhì)控要求,RT-PCR驗(yàn)證結(jié)果與基因芯片結(jié)果基本一致。差異基因表達(dá)分析結(jié)果顯示:OVC與OVC-N差異表達(dá)已知基因109個(gè),其中表達(dá)上調(diào)66個(gè),下調(diào)43個(gè);OVC與OVC-P差異表達(dá)已知基因
6、29個(gè),其中表達(dá)上調(diào)18個(gè),下調(diào)11個(gè);OVC-P與OVC-N差異表達(dá)已知基因56個(gè),其中表達(dá)上調(diào)26個(gè),下調(diào)30個(gè);OSCC與OSCC-N差異表達(dá)已知基因1172個(gè),其中表達(dá)上調(diào)564個(gè),下調(diào)608個(gè);OSCC與OSCC-P差異表達(dá)已知基因949個(gè),其中表達(dá)上調(diào)346個(gè),下調(diào)603個(gè);OSCC-P與OSCC-N差異表達(dá)已知基因220個(gè),其中表達(dá)上調(diào)191個(gè),下調(diào)29個(gè)。OSCC與OVC差異表達(dá)已知基因167個(gè),其中表達(dá)上調(diào)108個(gè),下
7、調(diào)59個(gè)。
miRNA差異表達(dá)分析顯示:OVC與OVC-N差異表達(dá)miRNA2個(gè),均表達(dá)下調(diào);OVC與OVC-P差異表達(dá)miRNA2個(gè),均表達(dá)上調(diào); OVC-P與OVC-N差異表達(dá)miRNA8個(gè),其中表達(dá)上調(diào)2個(gè),下調(diào)6個(gè);OSCC與OSCC-N差異表達(dá)miRNA33個(gè),其中表達(dá)上調(diào)22個(gè),下調(diào)11個(gè);OSCC與OSCC-P差異表達(dá)miRNA23個(gè),其中表達(dá)上調(diào)13個(gè),下調(diào)10個(gè);OSCC-P與OSCC-N差異表達(dá)miRN
8、A5個(gè),其中表達(dá)上調(diào)1個(gè),下調(diào)4個(gè);OSCC與OVC差異表達(dá)miRNA34個(gè),其中表達(dá)上調(diào)30個(gè),下調(diào)4個(gè)。
差異表達(dá)基因生物信息學(xué)分析表明:OVC和OSCC與各自相應(yīng)正常粘膜比較,共同表達(dá)改變的基因39個(gè),其中表達(dá)上調(diào)22個(gè),下調(diào)17個(gè);39個(gè)共表達(dá)基因中,OVC和OSCC間有表達(dá)差異的基因8個(gè)。聚類分析表明同一組內(nèi)各樣本的表達(dá)譜之間具有高度的一致性。IPA軟件分析表明:OVC差異表達(dá)基因功能主要集中于遺傳性疾病、癌癥等
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