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文檔簡介
1、單核苷酸多態(tài)性(SNP)是近年來被認為最有發(fā)展?jié)摿Φ牡谌肿訕擞?。本實驗室利用Illumina RNA-seq技術,從淀粉含量、薯干產(chǎn)量和莖線蟲病抗性差異明顯的徐781和徐薯18測序結果中已獲得1,386個SNP候選位點。為開發(fā)實用的SNP標記,本研究采用等位基因特異性PCR(AS-PCR)和四引物擴增受阻突變體系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)兩種特異性擴增的方法以及酶切擴增多態(tài)性序列(CAPS)酶切的方法,檢測
2、候選SNP位點,確定合適的甘薯SNP分子標記檢測方法,對其反應條件進行優(yōu)化,包括反應退火溫度、內外引物濃度之比和Taq DNA聚合酶用量,并根據(jù)候選SNP位點,設計引物,檢測SNP位點和開發(fā)SNP分子標記。主要研究結果如下:
1.通過AS-PCR、Tetra-primer ARMS-PCR和CAPS三種常用的SNP檢測方法,對甘薯SNP位點進行檢測,比較其檢測可行性和有效性,并對適宜檢測方法的反應體系進行優(yōu)化。結果表明,Tet
3、ra-primer ARMS-PCR方法能準確、快速檢測甘薯SNP位點并進行分型,操作步驟簡單,費用低廉,使用25μL的反應體系,在每一組引物的最適退火溫度下,內外引物濃度之比為0.4μmol/L∶0.2μmol/L,Taq DNA聚合酶用量為1.25 U時,可以達到良好的檢測效果。
2.利用徐781和徐薯18轉錄組測序獲得的候選SNP位點共設計了153組Tetra-primerARMS-PCR引物,對徐781和徐薯18候選S
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