滸苔的線粒體、葉綠體基因組研究及基于轉錄組數據的SSR分子標記開發(fā).pdf

1、綠潮（Green Tides）是一種大型海藻在海域大規(guī)模增殖的生態(tài)異常現象。自2008年青島奧帆賽暴發(fā)了舉世矚目的黃海綠潮以來，越來越多的國內外研究學者投身到綠潮藻的研究中去。目前雖然國內外研究對綠潮藻滸苔的生理生化特征、生活史及繁殖能力、營養(yǎng)成分等方面已經完成了很全面的分析并且得到了相當豐富的研究成果。但是對于滸苔的細胞器基因組，轉錄組組學方面的研究工作相對進行得比較少。
　　本研究擬針對綠潮藻滸苔的葉綠體基因組的研究工作的空白

2、狀態(tài)，完成對滸苔線粒體和葉綠體基因組的測序和分析，揭示綠潮藻種類之間的進化關系，從基因組學的角度闡述綠潮藻的特征。同時，又依靠了滸苔轉錄組的數據支持，開發(fā) SSR分子標記，為綠潮藻親緣關系和遺傳距離的研究打下了基礎。研究成果如下：
　　1.完成了滸苔線粒體基因組的測序組裝及分析
　　滸苔的線粒體基因組大小為61962bp，為單鏈編碼環(huán)狀DNA分子。GC含量33.9％共含有29個蛋白質編碼基因、21個轉運RNA基因和2個核糖體

3、RNA基因。通過系統(tǒng)發(fā)育樹的構建分析，闡明了滸苔的遺傳地位。
　　2.完成了滸苔葉綠體基因組的測序組裝及分析
　　本研究首次完成了滸苔的葉綠體基因組的測定及分析，葉綠體基因組大小為93066bp，是一個雙鏈閉合環(huán)狀的葉綠體DNA結構，由于缺失反向重復區(qū)，滸苔的葉綠體并不是一個典型的4段式結構葉綠體?；蚪MGC含量為24.78%。由66個蛋白質編碼基因、26個轉運RNA基因和3個核糖體RNA基因組成。共發(fā)現了4個內含子，其中一

4、個位于tRNA基因上，其余兩個位于蛋白質編碼基因上。
　　3.完成了轉錄組數據SSR標記位點的查找和引物篩選工作
　　本研究在滸苔轉錄組數據中共發(fā)現9872個SSR位點，發(fā)生頻率9.03%。其主要重復類型是單核苷酸重復，占 SSR總數的42.71%；其次是三核苷酸重復，占SSR總數的31.71%；再是二核苷酸重復，占SSR總數的21.04%；本研究通過SSR位點的分析，設計SSR引物，經過篩選，一共獲得了6條擴增條帶具有多態(tài)