六倍體小麥全基因組SSR普查及分子標(biāo)記的開發(fā)與評價(jià).pdf

1、六倍體普通小麥（Triticum aestivum）作為通過異源多倍化過程形成的最典型物種之一，具有重要的農(nóng)業(yè)地位。六倍體小麥的三個二倍體祖先中的兩個已經(jīng)得到確認(rèn):烏拉爾圖小麥Triticum urartu和粗山羊草Aegilops tauschii，但B基因組的起源仍存在爭議。微衛(wèi)星重復(fù)序列是植物基因組的重要組成部分，分布在整個基因組中。最初被認(rèn)為是“垃圾DNA”，而最近的研究已經(jīng)證明他們可以在影響基因活動、染色質(zhì)組織變化和DNA代謝

2、過程中發(fā)揮關(guān)鍵的作用。除了它們的直接生物功能，微衛(wèi)星已經(jīng)被證明是高可變共顯性標(biāo)記的豐富來源，因?yàn)樗鼈兘?jīng)歷了高速率的單堿基插入和缺失突變。在過去15年，微衛(wèi)星標(biāo)記廣泛用于許多研究領(lǐng)域，如數(shù)量性狀位點(diǎn)(QTL)作圖，遺傳多樣性研究，標(biāo)記輔助選擇和進(jìn)化研究。
　　本研究利用最新版本的六倍體普通小麥survey序列和已測序的其他禾本科物種序列，利用MISA軟件尋找SSR位點(diǎn)，普查禾本科物種SSR的分布豐度情況，并利用Primer5.0合成

3、小麥SSR maker，通過電子PCR進(jìn)行模擬擴(kuò)增，根據(jù)擴(kuò)增結(jié)果分析小麥近緣種之間的進(jìn)化關(guān)系;篩選合成的小麥SSR maker中的特異引物，分析其在小麥不同品種間的多態(tài)性及在近緣種間的可轉(zhuǎn)導(dǎo)性，并隨機(jī)挑選合成21對引物進(jìn)行驗(yàn)證。得到以下結(jié)果:
　　(1)17個測序的物種（14種禾本科植物和另外三個物種）中，共有4，763，266個SSR位點(diǎn)被檢測到，平均分布頻率為126.83個/Mb，其中8個Triticeae物種的SSR特征相似

4、。
　　(2)Aegilops tauschii是與六倍體小麥親緣關(guān)系最接近的物種，其次分別是Triticum urartu,Triticum turgidum和Aegilops speltoides，而Triticum monococcum,Aegilops sharonensis和Hordeum vulgare顯示出相對較低的PCR擴(kuò)增效率。
　　(3)六倍體小麥亞基因組內(nèi)序列的相似度高于同源染色體相互之間的序列相似性。