稗草葉綠體基因組測序及其分子標(biāo)記開發(fā)與利用.pdf

1、禾本科稗屬（Echinochloa）包含大量能夠?qū)е伦魑锂a(chǎn)量減少的雜草，在全世界范圍內(nèi)廣泛分布，形態(tài)復(fù)雜多樣，分類鑒定較為困難。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，DNA序列信息成為了物種研究和進(jìn)化分析的基礎(chǔ)，然而至今為止，稗屬的DNA序列信息仍然十分有限。本研究通過對稗屬兩個(gè)種水田稗(Echinochloaoryzicola)和稗（Echinochloa crus-galli）新鮮綠色葉片進(jìn)行高通量測序，利用葉綠體基因組序列的保守性進(jìn)行稗草葉綠

2、體拼接組裝，獲得了兩條完整的稗草葉綠體基因組序列。此外，研究利用葉綠體基因組估算了稗屬的分化時(shí)間，并開發(fā)了分子標(biāo)記，為稗屬的全基因組研究奠定了基礎(chǔ)。具體結(jié)果如下:
　　1.水田稗STB03的葉綠體基因組長139，891bp，大單拷貝區(qū)(LSC)長82，108bp，小單拷貝區(qū)(SSC)長13，205bp，反向重復(fù)區(qū)（IR）長22，289bp。稗BTS02的葉綠體基因組長139，800bp，LSC長82，047bp，SSC長12，51

3、7bp，IR長22，618bp。兩條葉綠體基因組之間存在79個(gè)插入缺失和466個(gè)堿基替換位點(diǎn)，均包含131個(gè)蛋白編碼基因，其中112個(gè)為單拷貝基因，位于大/小單拷貝區(qū)，19個(gè)基因有兩個(gè)拷貝，位于反向重復(fù)區(qū)。
　　2.通過葉綠體基因組系統(tǒng)進(jìn)化分析對稗屬的分化時(shí)間進(jìn)行了估算，得出稗屬與稷屬（Panicum）分化的時(shí)間大約為21.6百萬年前(Mya)，水田稗與稗的分化時(shí)間大約是3.3Mya。
　　3.根據(jù)稗草葉綠體基因組trnT-