甘薯冷誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄組測序及轉(zhuǎn)錄因子SwDREB1B在抗冷調(diào)節(jié)中的作用.pdf

1、甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)作為世界上第4大糧食作物，除了食用外，還是重要的工業(yè)原料。甘薯喜溫怕冷，在貯藏過程中極易發(fā)生冷害。然而目前對甘薯冷害在分子水平的研究鮮有報道。本研究利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)獲得了塊根在低溫脅迫下的表達(dá)數(shù)據(jù)譜并對篩選出的甘薯DREB(SwDREB)家族基因進(jìn)行了克隆、表達(dá)以及與抗氧化酶活性間的相關(guān)性做了研究，主要研究結(jié)果如下:
　　(1)測序產(chǎn)生了8.25Gb的高質(zhì)量數(shù)據(jù)，40.86M

2、b的clean reads。組裝拼接后共獲得201，388條Transcripts和60，170條Unigenes; N50分別為2035bp、1455bp;平均長度分別為1352.32 bp、781.90 bp。
　　(2)通過與不同數(shù)據(jù)庫比對，共有34，168條Unigenes獲得了注釋信息，其中注釋到GO數(shù)據(jù)的有22，723條，7，437條Unigenes注釋到148條KEGG途徑。有16條Unigenes被注釋到DREB家

3、族。26，002條Unigenes未獲得注釋，這其中可能有部分屬于甘薯特有基因。
　　(3)低溫脅迫下，實(shí)驗(yàn)組與對照組相比，共有4，470條差異表達(dá)基因，其中上條表達(dá)的Unigene有4，059條，下調(diào)表達(dá)的有411條。
　　(4)利用PCR技術(shù)克隆得到了兩條DREB基因:SwDREB1B、SwDREB2。SwDREB1B的ORF全長為711bp，編碼237個氨基酸，無內(nèi)含子，含有一個AP2結(jié)構(gòu)域，氨基酸序列比對和系統(tǒng)進(jìn)化樹

4、分析該基因?qū)儆贒REB1類成員。SwDREB2基因ORF全長726bp，含有一個AP2結(jié)合域，含有典型的YRG和RAYD保守區(qū)，序列比對和系統(tǒng)進(jìn)化樹分析該基因?qū)儆贒REB2類。
　　(5)利用qRT-PCR對SwDREB1B基因的組織特異性及低溫逆境誘導(dǎo)表達(dá)進(jìn)行分析，結(jié)果表明:SwDREB1B在甘薯中均有表達(dá)，不具有組織特異性;低溫誘導(dǎo)上調(diào)表達(dá);SwDREB1B在低溫下的表達(dá)與多種抗氧化酶的活性呈正相關(guān);在葉片和塊根中，CuZnS