三陰性乳腺癌細(xì)胞樣本RNA-Seq數(shù)據(jù)分析.pdf

1、乳腺癌是一種嚴(yán)重威脅女性健康的多基因遺傳性惡性腫瘤，發(fā)病率呈逐年上升并且年輕化的趨勢(shì)。有報(bào)道表明三陰性乳腺癌患者約占乳腺癌患者總數(shù)的20％左右，但卻幾乎是最難以治療的，通常情況下預(yù)后差且生存率低。在中國(guó),乳腺癌的發(fā)病率遠(yuǎn)低于歐美國(guó)家，但死亡率卻顯著高于歐美，這與我們國(guó)家醫(yī)療水平及對(duì)乳腺癌的認(rèn)識(shí)和預(yù)防措施不到位有關(guān)。因此三陰性乳腺癌的基礎(chǔ)研究可為該疾病的診斷和治療提供依據(jù)。我們通過(guò)分析三陰性乳腺癌細(xì)胞和正常乳腺細(xì)胞的RNA-seq數(shù)據(jù)得到

2、如下結(jié)果：
　　1.正常乳腺細(xì)胞、基底樣乳腺癌細(xì)胞和管腔樣乳腺癌細(xì)胞共15個(gè)細(xì)胞樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)聚類分析得到兩類細(xì)胞樣本，正常乳腺細(xì)胞聚為一類，乳腺癌細(xì)胞聚為一類。WGCNA分析得到4個(gè)modules，分別是與乳腺癌細(xì)胞相關(guān)的black module，與基底樣乳腺癌細(xì)胞相關(guān)的brown module，與管腔樣乳腺癌相關(guān)的cyan module，與正常乳腺細(xì)胞相關(guān)的magenta module。
　　2.正常乳腺細(xì)胞中

3、lncRNA的數(shù)量是乳腺癌細(xì)胞中的3.53倍，由此我們可以推測(cè)出在乳腺癌細(xì)胞中l(wèi)ncRNA表達(dá)下調(diào)。lncRNA表達(dá)情況很明顯分成四個(gè)部分，第一部分是在正常乳腺細(xì)胞中高表達(dá)，第二部分是基底樣乳腺癌細(xì)胞中高表達(dá)，第三部分是在管腔樣乳腺癌細(xì)胞中高表達(dá)，最后一部分是在正常乳腺細(xì)胞里低表達(dá)，在兩種乳腺癌細(xì)胞中都高表達(dá)的lncRNA。
　　3.我們通過(guò)cuffdiff軟件處理數(shù)據(jù)得到基底樣乳腺癌細(xì)胞和正常乳腺細(xì)胞的差異基因數(shù)為5480個(gè)，管

4、腔樣乳腺癌細(xì)胞和正常乳腺細(xì)胞的差異基因數(shù)為5027個(gè)，基底樣乳腺癌細(xì)胞和管腔樣乳腺癌細(xì)胞的差異基因數(shù)為3066個(gè)。
　　4.管腔樣乳腺癌細(xì)胞與正常乳腺細(xì)胞的差異基因和基底樣乳腺癌細(xì)胞與正常的乳腺細(xì)胞的差異基因GO分析都有類似的結(jié)論，即乳腺癌細(xì)胞與正常乳腺細(xì)胞的差異基因富集在翻譯（GO:0006412~translation）及翻譯相關(guān)的生物學(xué)途徑（GO:0006414~translational elongation），KEGG分

5、析結(jié)果也證實(shí)了差異基因富集在核糖體信號(hào)通路（hsa03010:Ribosome）。我們推測(cè)這可能是由于乳腺癌細(xì)胞大量增殖，需要很多的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)。
　　5.管腔樣乳腺癌細(xì)胞和基底樣乳腺癌細(xì)胞的差異基因則主要富集在胰腺癌（Pancreatic cancer）、膀胱癌（Bladder cancer）、系統(tǒng)性紅斑狼瘡（Systemiclupus erythematosus）、結(jié)直腸癌（Colorectal cancer）等疾病通路，可以推測(cè)