大芻草苗期轉(zhuǎn)錄組RNA-Seq數(shù)據(jù)的De novo組裝和分析.pdf

1、人類對玉米的馴化從10000年前農(nóng)業(yè)文明起源的時候就開始了，而對于玉米祖先的爭論也一直持續(xù)了很多年。近些年研究者對一些近源物種染色體形態(tài)數(shù)量、葉綠體、核糖體、同工酶及相關(guān)分子遺傳學(xué)的研究表明大芻草中的Z.m.ssp。parviglumis就是玉米的祖先。本研究利用RNA-Seq技術(shù)，對大芻草的轉(zhuǎn)錄組進行了De novo的拼接，并對拼接得到的轉(zhuǎn)錄本序列進行了分析研究，包括對基因表達量的統(tǒng)計，與玉米B73以及其他三種單子葉植物的轉(zhuǎn)錄本或蛋白

2、序列進行了比較，通過GO、KEGG、KOG、UniPort等數(shù)據(jù)庫進行了簡單的功能注釋。
　　 本研究以6種大芻草的苗期樣本為研究材料，利用solexa測序技術(shù)對其進行了RNA-Seq測序。我們首先對測序得到的序列進行了質(zhì)量控制，最終保留了原始序列的77%。在確保得到了高質(zhì)量的數(shù)據(jù)后，利用Trinity和TGICL軟件進行了De novo的拼接，共得到了58147條大芻草轉(zhuǎn)錄本，它們的平均長度為1335bp，比B73轉(zhuǎn)錄本普遍偏

3、短，所有的后續(xù)分析研究都基于此拼接結(jié)果。在用RT-PCR進行了序列驗證后我們較為確信了拼接的準(zhǔn)確性。接著我們采用了BLAST和BLAT兩款軟件將大芻草的轉(zhuǎn)錄本和玉米B73、高粱、短柄草和水稻進行了比較，發(fā)現(xiàn)了其中的高度同源序列，然后采用了RPKM值對大芻草轉(zhuǎn)錄本的表達量進行了估計。在對轉(zhuǎn)錄本的注釋過程中，我們采用了幾個常用的功能注釋數(shù)據(jù)庫，其中UniProt數(shù)據(jù)庫的注釋較為全面。
　　 本研究中對于大芻草轉(zhuǎn)錄組的研究，對大芻草和