香豬7個CNVRs多態(tài)性及與其生長繁殖性狀的相關性研究.pdf

1、本文采用Illumina公司提供的procineSNP60 v2芯片檢測平臺，對120頭香豬和柯樂豬的全基因組進行SNP篩選，推測其中包含的CNV，并以香豬為主要研究對象，柯樂豬、糯谷豬、榮昌豬和大白豬為對照進行群體驗證，進一步探究拷貝數(shù)變異在不同地方豬品種間的多態(tài)性和拷貝數(shù)變異對香豬生長、產(chǎn)仔數(shù)等相關性狀的影響，主要結果如下：
　　1、通過對120頭豬全基因組進行Illumina Porcine SNP60K芯片檢測，從中推測出

2、633個CNV，合并為213個CNVRs，在此基礎上，選擇其中7個在香豬高低產(chǎn)群體中拷貝數(shù)變異頻率有差異的候選CNV進行芯片結果驗證，確認這7個CNV為實際存在的CNV，它們分別為CNVR37、CNVR60、CNVR79、CNVR91、CNVR92、CNVR143和CNVR187。
　　2、采用qPCR檢測方法，對香豬等5個豬品種進行拷貝數(shù)檢測。結果顯示，香豬的CNVR37以拷貝數(shù)缺失和拷貝數(shù)增加為主，糯谷豬和榮昌豬以拷貝數(shù)缺失和

3、拷貝數(shù)正常為主，大白豬和柯樂豬以拷貝數(shù)正常為主；香豬高產(chǎn)群體的CNVR37以拷貝數(shù)缺失為主，而香豬低產(chǎn)群體以拷貝數(shù)增加占優(yōu)勢。香豬的CNVR60以拷貝數(shù)正常略占優(yōu)勢，同時存在部分拷貝數(shù)缺失和拷貝數(shù)增加樣本，而柯樂豬、糯谷豬、榮昌豬和大白豬以拷貝數(shù)正常類型占絕大多數(shù)。經(jīng)相關性分析可知，香豬這兩區(qū)域的拷貝數(shù)與體長等體尺指標和產(chǎn)仔數(shù)均不相關。
　　3、香豬的CNVR79以拷貝數(shù)缺失占多數(shù)，大白豬的拷貝數(shù)缺失與拷貝數(shù)正常類型各占一半，柯樂

4、豬、糯谷豬和榮昌豬以拷貝數(shù)正常為主；香豬低產(chǎn)群體的CNVR79以拷貝數(shù)缺失為主，但高產(chǎn)群體中3種拷貝數(shù)類型差異不大；香豬此區(qū)域的拷貝數(shù)與體寬、胸圍、頭胎產(chǎn)仔數(shù)、二胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關關系，推測CNVR79與香豬的體寬、胸圍生長和產(chǎn)仔數(shù)相關。
　　4、香豬的CNVR91以拷貝數(shù)缺失為主，而其它4個豬品種以拷貝數(shù)拷貝數(shù)正常為主；糯谷豬的CNVR92以拷貝數(shù)正常為主，其它4個豬品種以拷貝數(shù)缺失為主。香豬CNVR91的拷貝數(shù)與體寬

5、、胸圍、頭胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關關系，CNVR92的拷貝數(shù)與體寬、胸圍呈弱相關關系，推測CNVR91、92與香豬的體寬、胸圍生長相關，且CNVR91還與香豬的產(chǎn)仔數(shù)相關。
　　5、香豬、糯谷豬的CNVR143以拷貝數(shù)增加為主，其它三個豬品種以拷貝數(shù)正常為主；香豬的CNVR187以拷貝數(shù)缺失略占優(yōu)勢，柯樂豬以拷貝數(shù)增加為主，其它3個豬品種以拷貝數(shù)正常為主。香豬CNVR187的拷貝數(shù)與二胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關關系，推測CNVR187對

6、香豬的產(chǎn)仔數(shù)有一定影響，但這兩個CNV對香豬的生長性狀是否有聯(lián)系有待進一步研究。
　　6、對雄性香豬群體的CNVR79拷貝數(shù)進行檢測，找出相同月齡不同拷貝數(shù)類型樣本，分別做CNVR79所包含的MTF-1和 INPP5B基因的mRNA表達量分析。結果顯示，雄性香豬群體的CNVR79以拷貝數(shù)正常類型為主，與雌性香豬群體的CNVR79拷貝數(shù)類型存在較大差異；2月齡香豬睪丸組織 MTF-1和INPP5B基因的mRNA表達量與拷貝數(shù)變異沒有