香豬7個(gè)CNVRs多態(tài)性及與其生長(zhǎng)繁殖性狀的相關(guān)性研究.pdf

1、本文采用Illumina公司提供的procineSNP60 v2芯片檢測(cè)平臺(tái)，對(duì)120頭香豬和柯樂(lè)豬的全基因組進(jìn)行SNP篩選，推測(cè)其中包含的CNV，并以香豬為主要研究對(duì)象，柯樂(lè)豬、糯谷豬、榮昌豬和大白豬為對(duì)照進(jìn)行群體驗(yàn)證，進(jìn)一步探究拷貝數(shù)變異在不同地方豬品種間的多態(tài)性和拷貝數(shù)變異對(duì)香豬生長(zhǎng)、產(chǎn)仔數(shù)等相關(guān)性狀的影響，主要結(jié)果如下：
　　1、通過(guò)對(duì)120頭豬全基因組進(jìn)行Illumina Porcine SNP60K芯片檢測(cè)，從中推測(cè)出

2、633個(gè)CNV，合并為213個(gè)CNVRs，在此基礎(chǔ)上，選擇其中7個(gè)在香豬高低產(chǎn)群體中拷貝數(shù)變異頻率有差異的候選CNV進(jìn)行芯片結(jié)果驗(yàn)證，確認(rèn)這7個(gè)CNV為實(shí)際存在的CNV，它們分別為CNVR37、CNVR60、CNVR79、CNVR91、CNVR92、CNVR143和CNVR187。
　　2、采用qPCR檢測(cè)方法，對(duì)香豬等5個(gè)豬品種進(jìn)行拷貝數(shù)檢測(cè)。結(jié)果顯示，香豬的CNVR37以拷貝數(shù)缺失和拷貝數(shù)增加為主，糯谷豬和榮昌豬以拷貝數(shù)缺失和

3、拷貝數(shù)正常為主，大白豬和柯樂(lè)豬以拷貝數(shù)正常為主；香豬高產(chǎn)群體的CNVR37以拷貝數(shù)缺失為主，而香豬低產(chǎn)群體以拷貝數(shù)增加占優(yōu)勢(shì)。香豬的CNVR60以拷貝數(shù)正常略占優(yōu)勢(shì)，同時(shí)存在部分拷貝數(shù)缺失和拷貝數(shù)增加樣本，而柯樂(lè)豬、糯谷豬、榮昌豬和大白豬以拷貝數(shù)正常類型占絕大多數(shù)。經(jīng)相關(guān)性分析可知，香豬這兩區(qū)域的拷貝數(shù)與體長(zhǎng)等體尺指標(biāo)和產(chǎn)仔數(shù)均不相關(guān)。
　　3、香豬的CNVR79以拷貝數(shù)缺失占多數(shù)，大白豬的拷貝數(shù)缺失與拷貝數(shù)正常類型各占一半，柯樂(lè)

4、豬、糯谷豬和榮昌豬以拷貝數(shù)正常為主；香豬低產(chǎn)群體的CNVR79以拷貝數(shù)缺失為主，但高產(chǎn)群體中3種拷貝數(shù)類型差異不大；香豬此區(qū)域的拷貝數(shù)與體寬、胸圍、頭胎產(chǎn)仔數(shù)、二胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系，推測(cè)CNVR79與香豬的體寬、胸圍生長(zhǎng)和產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)。
　　4、香豬的CNVR91以拷貝數(shù)缺失為主，而其它4個(gè)豬品種以拷貝數(shù)拷貝數(shù)正常為主；糯谷豬的CNVR92以拷貝數(shù)正常為主，其它4個(gè)豬品種以拷貝數(shù)缺失為主。香豬CNVR91的拷貝數(shù)與體寬

5、、胸圍、頭胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系，CNVR92的拷貝數(shù)與體寬、胸圍呈弱相關(guān)關(guān)系，推測(cè)CNVR91、92與香豬的體寬、胸圍生長(zhǎng)相關(guān)，且CNVR91還與香豬的產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)。
　　5、香豬、糯谷豬的CNVR143以拷貝數(shù)增加為主，其它三個(gè)豬品種以拷貝數(shù)正常為主；香豬的CNVR187以拷貝數(shù)缺失略占優(yōu)勢(shì)，柯樂(lè)豬以拷貝數(shù)增加為主，其它3個(gè)豬品種以拷貝數(shù)正常為主。香豬CNVR187的拷貝數(shù)與二胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系，推測(cè)CNVR187對(duì)

6、香豬的產(chǎn)仔數(shù)有一定影響，但這兩個(gè)CNV對(duì)香豬的生長(zhǎng)性狀是否有聯(lián)系有待進(jìn)一步研究。
　　6、對(duì)雄性香豬群體的CNVR79拷貝數(shù)進(jìn)行檢測(cè)，找出相同月齡不同拷貝數(shù)類型樣本，分別做CNVR79所包含的MTF-1和 INPP5B基因的mRNA表達(dá)量分析。結(jié)果顯示，雄性香豬群體的CNVR79以拷貝數(shù)正常類型為主，與雌性香豬群體的CNVR79拷貝數(shù)類型存在較大差異；2月齡香豬睪丸組織 MTF-1和INPP5B基因的mRNA表達(dá)量與拷貝數(shù)變異沒(méi)有