香豬生長性狀相關(guān)SNPs的多態(tài)性研究.pdf

1、香豬是我國稀有的優(yōu)良地方微型豬種，與其它豬品種相比，香豬具有生長緩慢、體型矮小等特點(diǎn)，但香豬的生長慢的調(diào)控機(jī)制不完全清楚。本文利用Illumina Porcine SNP60（60K）豬全基因組 SNP芯片，進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)，并結(jié)合等位基因特異性PCR檢測(cè)方法，從基因整體水平分析從江香豬的遺傳多態(tài)性，得到以下結(jié)論：
　　1.應(yīng)用Illumina Porcine SNP60芯片對(duì)120份香豬和可樂豬基因組的SNP進(jìn)行

2、檢測(cè)，經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制，結(jié)合體長性狀進(jìn)行 GWAS分析，得到13個(gè)與生長關(guān)聯(lián)的SNP，挑選其中6個(gè)SNP位點(diǎn)ALGA0105966、ALGA0059836、ASGA0106099、ASGA0016323、MARC0036889和ASGA0084095以同樣的樣本用AS-PCR方法檢測(cè)的結(jié)果與芯片檢測(cè)結(jié)果的相符率為100％。
　　2.對(duì)香豬、黔北黑豬、柯樂豬、糯谷豬、榮昌豬和大白豬6個(gè)中外豬品種6個(gè) SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。從6個(gè)

3、豬品種的PODXL基因中檢測(cè)到ALGA0105966位點(diǎn)的基因頻率存在多態(tài)性變化，香豬、柯樂豬和榮昌豬中以AA純合型為優(yōu)勢(shì)基因型，A等位基因的頻率明顯高于G（P<0.01）；黔北黑豬、糯谷豬、大白豬以雜合的AG為優(yōu)勢(shì)基因型，A與 G等位基因頻率間的差異不明顯（P>0.05）。關(guān)聯(lián)分析顯示該點(diǎn)的基因型與大型香豬的8個(gè)體尺指標(biāo)均呈弱的負(fù)相關(guān)，與12月齡香豬體高呈弱的負(fù)相關(guān)，與24月齡香豬體長和腹圍呈弱的負(fù)相關(guān)。 ALGA0059836位點(diǎn)位

4、于基因間隔區(qū)，其基因頻率存在多態(tài)性變化，在6個(gè)豬品種中主要以 CC純合型為優(yōu)勢(shì)基因型，C等位基因的頻率明顯高于 T（P<0.01）；同時(shí)關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)該點(diǎn)的基因型與大型香豬體高、體長、體寬、胸圍和管圍存在弱的正相關(guān)關(guān)系，與12月齡香豬體寬、體重、胸圍和腹圍呈弱的負(fù)相關(guān)，與18月齡香豬體寬、體重和管圍呈弱的負(fù)相關(guān)。AS GA0106099位點(diǎn)位于基因間隔區(qū)，其基因頻率存在多態(tài)性變化，香豬、糯谷豬和榮昌豬以GG純合型為優(yōu)勢(shì)基因型，G等位基因的

5、頻率明顯高于A（P<0.01）；柯樂豬、黔北黑豬、大白豬以雜合的AG為優(yōu)勢(shì)基因型， A與 G等位基因頻率間的差異不明顯（P>0.05）；關(guān)聯(lián)分析顯示該點(diǎn)的基因型與大型香豬的體重呈弱的正相關(guān)，與18月齡香豬體寬呈弱的正相關(guān)。MARC0036889位點(diǎn)位于基因間隔區(qū)，其基因頻率存在多態(tài)性變化，香豬、柯樂豬和榮昌豬以雜合 AG為優(yōu)勢(shì)基因型， A與 G等位基因頻率間的差異不明顯（P>0.05）；糯谷豬、黔北黑豬和大白豬以GG純合為主要基因型，G

6、等位基因的頻率明顯高于A（P<0.01）；關(guān)聯(lián)分析結(jié)果該點(diǎn)的基因型與體尺指標(biāo)不存在相關(guān)性。ASGA0016323位點(diǎn)位于基因間隔區(qū)，其基因頻率存在多態(tài)性變化，在6個(gè)豬品種中主要以CC純合型為優(yōu)勢(shì)基因型，其中18月齡、24月齡香豬和其它5個(gè)豬品種中C等位基因的頻率明顯高于T（P<0.01）；關(guān)聯(lián)分析結(jié)沒有相關(guān)性。從6個(gè)豬品種的FAT3基因中檢測(cè)到ASGA0084095位點(diǎn)，香豬和其它5個(gè)豬品種中均以雜合AG為優(yōu)勢(shì)基因型，A與G等位基因頻率