香豬繁殖性狀相關(guān)SNPs的多態(tài)性研究.pdf

1、香豬是我國稀有的優(yōu)良地方微型豬種,與大白豬、榮昌豬相比，香豬的繁殖生理特性明顯的不同，如產(chǎn)仔數(shù)低、性成熟早，但香豬繁殖率低的生理特性調(diào)控機(jī)制還不太清楚。本論文是利用Illumina Porcine SNP60K芯片進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study，GWAS），得出與繁殖性狀相關(guān)聯(lián)候選單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）位點(diǎn)。采用等位基因特異

2、性PCR（allele-specific PCR，AS-PCR）方法對(duì)6個(gè)與繁殖相關(guān)的候選SNP：ASGA0076852、M1GA0008617、ASGA0020493、DIAS0003365、H3GA0056106、ALGA0115838進(jìn)行大樣本驗(yàn)證，得到以下結(jié)果：
　　1. ASGA0076852多態(tài)性位點(diǎn)
　　ASGA0076852（rs80839320）位于谷胱甘肽合成酶（glutathione synthetas

3、e， GSS）基因的第三內(nèi)含子，rs80839320位點(diǎn)的高產(chǎn)香豬的A等位基因頻率低于低產(chǎn)香豬的相應(yīng)值(P<0.01)，與香豬二胎產(chǎn)仔數(shù)、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱的負(fù)相關(guān)。6個(gè)豬品種在ASGA0076852位點(diǎn)基因型分布存在多態(tài)性。6個(gè)豬群之間相比：香豬的A等位基因明顯高于糯谷豬、黔北黑豬、大白豬的相應(yīng)值(P<0.01)；柯樂豬A等位基因明顯低于糯谷豬(P<0.01)，低于黔北黑豬(P<0.05)；糯谷豬、黔北黑豬的A等位基因明顯高于榮昌豬和糯谷

4、豬的相應(yīng)值(P<0.01)。
　　2. M1GA0008617多態(tài)性位點(diǎn)
　　M1GA0008617（rs81388211）位于基因間，rs81388211位點(diǎn)的高產(chǎn)香豬的D等位基因頻率高于低產(chǎn)香豬的相應(yīng)值(P<0.01)，與香豬二胎產(chǎn)仔數(shù)、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱的正相關(guān)。4個(gè)貴州地方豬品種、榮昌豬和大白豬在r s81388211位點(diǎn)均存在多態(tài)性。6個(gè)豬品種之間相比：大白豬C等位基因頻率明顯高于其它5個(gè)豬品種的相應(yīng)值(P<0.01)

5、；榮昌豬 D等位基因頻率明顯低于柯樂豬和香豬的相應(yīng)值(P<0.01)，也低于黔北黑豬(P<0.05)；貴州4個(gè)地方豬品種之間沒有明顯(P>0.05)。
　　3. ASGA0020493多態(tài)性位點(diǎn)
　　ASGA0020493(rs80951600)位于TBX19(T-box19)基因的外顯子3中，為C/T單核苷酸變異，引起錯(cuò)義突變，mRNA由 ACC變?yōu)镚CC，導(dǎo)致189位的氨基酸(amina acid,AA)由蘇氨酸(thr

6、eonine， Thr)變?yōu)楸彼?alanine， Ala)。rs80951600位點(diǎn)在高產(chǎn)香豬的E等位基因頻率高于低產(chǎn)香豬相應(yīng)值，(卡方檢驗(yàn)P值為0.073接近0.05)與香豬二胎產(chǎn)仔數(shù)、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱的正相關(guān)。6個(gè)豬品種在ASGA0020493位點(diǎn)的基因型分布存在多態(tài)性。6個(gè)豬品種之間相比：大白豬的等位基因E頻率高于榮昌豬和4種貴州地方豬品種的相應(yīng)值(P<0.01)；榮昌豬等位基因 E頻率低于糯谷豬和黔北黑豬相應(yīng)值(P<0.01)

7、；柯樂豬的E等位基因頻率明顯高于糯谷豬和黔北黑豬相應(yīng)值(P<0.01)；香豬等位基因E頻率低于糯谷豬相應(yīng)值(P<0.05)。
　　4. DIAS0003365多態(tài)性位點(diǎn)
　　DIAS0003365(rs81213998)位點(diǎn)位于MKLN1(muskelin1,intracellular mediator containing kelch motifs)基因的外顯子18，rs81213998位點(diǎn)高產(chǎn)香豬的E等位基因頻率與低產(chǎn)香

8、豬的相應(yīng)值沒有差異(P>0.05)，與香豬的一胎、二胎、三胎的產(chǎn)仔數(shù)沒有相關(guān)性。4個(gè)貴州地方豬品種在rs81213998位點(diǎn)存在多態(tài)性。豬品種之間相比，香豬的等位基因 G明顯高于柯樂豬、糯谷豬、黔北黑豬的相應(yīng)值(P<0.01)；黔北黑豬、糯谷豬和柯樂豬之間的差異不明顯(P>0.05)。
　　5. H3GA0056106和 ALGA0115838多態(tài)性位點(diǎn)
　　H3GA0056106(rs81320066)和 ALGA0115