高郵鴨VLDLR基因的序列分析及其多態(tài)性與生長(zhǎng)和屠宰性狀的相關(guān)性研究.pdf

1、極低密度脂蛋白受體(Very low density lipoprotein receptor, VLDLR)是低密度脂蛋白受體(Low density lipoprotein receptor，LDLR)家族的一員，能以高親和力結(jié)合富含ApoE的脂蛋白參與甘油三脂的代謝。VLDLR廣泛分布在心臟、骨骼肌、脂肪組織和腦等機(jī)體組織，但是在肝臟中表達(dá)較少。本實(shí)驗(yàn)首先對(duì)高郵鴨VLDLR基因進(jìn)行了克隆測(cè)序，并利用生物信息學(xué)方法對(duì)該基因的分子特征

2、和結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析和預(yù)測(cè);然后對(duì)VLDLR基因序列進(jìn)行多態(tài)性與生長(zhǎng)及屠宰性狀的相關(guān)性分析，為高郵鴨的分子育種奠定理論和實(shí)踐基礎(chǔ)。
　　1、高郵鴨VLDLR基因的克隆及序列分析
　　為探討高郵鴨VLDLR基因的生物信息學(xué)功能，本研究采用RT-PCR方法克隆高郵鴨肌肉組織中VLDLR基因的編碼區(qū)序列，并對(duì)其核苷酸序列和推導(dǎo)的氨基酸序列進(jìn)行了分析。結(jié)果表明:高郵鴨VLDLR基因的編碼區(qū)含有2244個(gè)核苷酸，編碼747個(gè)氨基酸，Gen

3、bank登錄號(hào)為KP335149;高郵鴨與雜交鴨、雞、牛、人、小鼠、家兔、大鼠、野豬、斑馬魚(yú)的VLDLR基因編碼區(qū)核苷酸序列的同源性分別為90.9％、84.5％、71.3％、73.3％、71.8％、72.1％、72.1％、71.7％、63.2％，高郵鴨VLDLR基因編碼的氨基酸序列與雜交鴨、雞、牛、人、小鼠、家兔、大鼠、野豬、斑馬魚(yú)的同源性分別為93.7％、92.5％、77.9％、78.1％、78.7％、78.1％、77.9％、78.5

4、％、65.9％。高郵鴨VLDLR蛋白質(zhì)是一個(gè)親水性跨膜蛋白，其二級(jí)結(jié)構(gòu)由α螺旋、β轉(zhuǎn)角和無(wú)規(guī)則卷曲構(gòu)成，在其胞外區(qū)有3個(gè)N-糖基化位點(diǎn)和8個(gè)O-糖基化位點(diǎn)。信號(hào)肽分析表明，VLDLR蛋白為分泌性蛋白，最有可能的切割位點(diǎn)位于第36位和37位氨基酸之間。本研究為進(jìn)一步研究鴨VLDLR基因表達(dá)、生物學(xué)活性和應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。
　　2、高郵鴨VLDLR基因的多態(tài)性及其與生長(zhǎng)和屠宰性狀的關(guān)聯(lián)分析
　　為研究VLDLR基因多態(tài)性對(duì)高郵鴨生長(zhǎng)

5、發(fā)育和屠宰性狀的遺傳效應(yīng)，本實(shí)驗(yàn)以280只高郵鴨為實(shí)驗(yàn)材料，采用DNA測(cè)序技術(shù)對(duì)VLDLR基因進(jìn)行多態(tài)性檢測(cè)，共篩選出8個(gè)SNPs位點(diǎn)g.167G＞A, g.231C＞T, g.243G＞A, g.356-357insCT, g.359delT, g.498C＞T,g.563-564 insGA和g.631G＞A，其中g(shù).231C＞T和g.243G＞A位點(diǎn)位于編碼區(qū)內(nèi)，為同義突變，不引起氨基酸的改變。遺傳多態(tài)性分析結(jié)果表明:公鴨的g.2

6、31C＞T、g.356-357 insCT以及母鴨的g.631G＞A位點(diǎn)為低度多態(tài)(PIC＜0.25)，其余位點(diǎn)均表現(xiàn)為中度多態(tài)(0.25＜PIC＜0.5);x2適合性檢驗(yàn)顯示，g.498C＞T和g.631G＞A顯著偏離了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.05)，而其它SNP位點(diǎn)服從Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)?；谶@8個(gè)SNPs位點(diǎn)，采用Phase軟件共組建了8個(gè)單倍型，其中H1單倍型在公母兩個(gè)群體中所占比

7、例最高，均大于50％。最小二乘分析結(jié)果表明，公鴨群體中，H1H2組合的3～10周齡重、屠體重、半凈膛重、全凈膛重、肝重、腹脂重、半凈膛率、全凈膛率及腹脂率最高，H2H4組合最低;母鴨群體中，H3H4組合的3～7周齡重、屠體重、半凈膛重和全凈膛重最高，H1H2組合的9～10周齡重、肝重、腹脂重和腹脂率最高，H6H6組合最低。結(jié)果表明，VLDLR基因?qū)Ω哙]鴨生長(zhǎng)發(fā)育和脂肪沉積起著重要作用，這是VLDLR基因作為影響鴨生長(zhǎng)及屠宰性狀候選基因進(jìn)