中國部分牛種線粒體基因多態(tài)性分析及其親緣關(guān)系研究.pdf

1、本研究采用單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)方法并結(jié)合測序技術(shù)對11個中國地方黃牛品種、1個培育品種和3個引進品種共15個品種526頭個體線粒體DNAD-loop序列和12SrRNA基因的多態(tài)性進行研究，結(jié)果表明： 我國地方黃牛品種在線粒體DNAD-loop笫一高變區(qū)(HVl)的變異率較高，尤其是品種內(nèi)更高。通過SSCP方法顯示出6種單倍型，據(jù)此確定79個測序個體。測序結(jié)果共發(fā)現(xiàn)核苷酸多態(tài)位點94個，約占總檢測位點的25.1％；其中簡約

2、多態(tài)位點72個，單一多態(tài)位點22個。用MEGA3.1對核苷酸變異類型進行統(tǒng)計，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)換14次，顛換2次，并存在堿基插入/缺失。79條測序有56利單倍型，產(chǎn)生這么多變異位點主要是由復(fù)州牛41號和37號的突變造成的。 用MEGA3.1和Network4.1.1.2軟件對D-loop進行親緣關(guān)系和系統(tǒng)進化分析。系統(tǒng)進化分析表明：這15個牛品種有瘤牛、普通牛和另外一種(由復(fù)州牛41和37號形成)組成的3種起源。與NCBI上牛種的序列比較

3、發(fā)現(xiàn)這第三種起源不同于奔騰牛、短角牛和牦牛。除了平武黃牛、安格斯、海福特和復(fù)州牛不含瘤牛血統(tǒng)之外，其它品種均在不同程度上含有瘤牛血液。用距離法構(gòu)建親緣關(guān)系：所有品種分為皰牛和普通牛兩大分支。其中，渤海黑牛首先與瘤牛聚為一個類群，其次再與大南陽牛、大別山牛聚在一類，說明渤海黑牛與瘤牛的關(guān)系更近，而其他牛品種則聚類到普通牛類群：國外品種日本黑牛、安格斯牛和海福特牛首先聚在一起，說明其關(guān)系較近；中國西門塔爾牛與蒙古牛、延邊牛三者首先聚在一起，

4、表明三者關(guān)系最近，造成這種結(jié)果可能是因為中國西門塔爾牛是與北方如內(nèi)蒙古、遼寧、黑龍江等地的黃牛品種雜交形成有關(guān)。其次，平武黃牛、復(fù)州牛、湘西黃牛、晉南牛、秦川牛和魯西牛都不同程度的聚在一起。湘西黃牛比較特別，因為從外形看，湘西黃牛高聳的肩峰應(yīng)該更具有瘤牛的特性，而且根據(jù)以前的文獻報道南方黃牛所含有瘤牛的血統(tǒng)要更多一些，卻聚在普通牛類群中，說明其含有更多的普通牛血源。 15個品種的線粒體DNA12SrRNASSCP分析發(fā)現(xiàn)有4種多

5、態(tài)類型，其中Ⅰ和Ⅱ多態(tài)類型分布頻率較大，而Ⅲ和Ⅳ兩種類型出現(xiàn)頻率很低。測序結(jié)果與多態(tài)類型相對應(yīng)。復(fù)州牛41號和37號兩個個體產(chǎn)生的多態(tài)類型與其他類型序列相差較遠。12SrRNA基因的平均多態(tài)信息含量(PIC)統(tǒng)計表明：中國黃牛品種PIC值在0.115～0.423之間，晉南牛最高為0.423，除了蒙古牛和延邊牛PIC小于0.25屬于低度多態(tài)外，其它中國地方牛種都屬于中度多態(tài)。引進品種海福特、安格斯和日本黑牛的PIC均為0；而培育品種中國西