中國牦牛線粒體DNA多態(tài)性及遺傳分化研究.pdf

1、該試驗測定了中國5個牦牛品種34個個體的線粒體D-loop全序列,長度為891bp~895bp,有55個變異位點,24種單倍型,核苷酸多樣度和群體單倍型多樣度分別為1.315﹪、0.9697.變異位點有轉(zhuǎn)換、顛換、插入/缺失四種類型,其中轉(zhuǎn)換的頻率明顯高于顛換.D-loop全序列每個位點突變率并不相同,在131~500bp、701~751bp間存在突變熱點,為D-loop的兩個高變區(qū).牦牛D-loop堿基G+C(39﹪)含量小于A+T含

2、量(61﹪),表現(xiàn)出堿基的偏倚性.牦牛各品種核苷酸分歧度Dxy為0.480﹪~2.106﹪,凈遺傳距離Da為-0.094﹪~0.809﹪,麥洼牦牛與其它牦牛群體的Dxy、Da值較高,牦牛單倍型間的平均距離為0.014.麥洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之間有較高程度的遺傳差異.九龍牦牛與其它牦牛間基因流較大(Nm=3.40~1.58),麥洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之間基因交流(Nm=0.46~0.52)的程度相當(dāng)小,遺傳漂變是它們之間遺傳分化的主要因

3、素.整個來說,中國牦牛多態(tài)性豐富,遺傳分化明顯.該試驗的牦牛序列經(jīng)Tajima's D中性檢驗不顯著(P>0.10),符合中性突變.根據(jù)牦牛各品種線粒體D-loop的一致序列構(gòu)建的NJ樹,九龍牦牛和犏牛之間的遺傳距離為0,因而聚在一支上,而麥洼牦牛和其它4個牦牛品種(類群)間的親緣關(guān)系相對較遠(yuǎn).用該試驗中的牦牛單倍型和GenBank中序列結(jié)合起來構(gòu)建的單倍型NJ樹,所有序列分成4大支,即聚類簇Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ,該次研究的牦牛序列全部分散在