綿羊透明帶蛋白3(ZP3)基因的變異及其與海拔、產(chǎn)羔數(shù)的相關(guān)性研究.pdf

1、本研究主要是研究ZP3基因的變異與海拔及產(chǎn)羔數(shù)的關(guān)系，探討ZP3基因在物種間的進化以及在綿羊群體間的選擇類型，尋找ZP3基因與高繁殖力相關(guān)的SNP位點，為綿羊的選育工作提供理論參考。選擇9個不同海拔高度的綿羊群體（高原型藏羊、歐拉型藏羊、山谷型藏羊、烏珠穆沁羊、蘇尼特羊、灘羊、廣靈大尾羊、小尾寒羊和湖羊）作為試驗材料，采用混合樣測序技術(shù)檢測綿羊群體內(nèi)ZP3基因的SNP位點，用直接測序法對其進行分型，對這些位點的基因頻率、基因型頻率與海拔

2、進行關(guān)聯(lián)分析;對15個物種的ZP3基因進行系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系、基因相似性及物種間進化分析;對9個綿羊群體內(nèi)檢測到的ZP3基因的SNP位點進行群體受選擇狀況分析;收集整理158只湖羊的產(chǎn)羔數(shù)據(jù)，分析SNP位點基因型、連鎖區(qū)單倍型及雙倍型與產(chǎn)羔數(shù)的關(guān)系。
　　研究結(jié)果表明:
　　1.ZP3基因在15個物種間的正選擇檢驗表明ZP3受到強烈的正選擇。模型M2a樸素貝葉斯方法(NEB)檢測發(fā)現(xiàn)ZP3基因不存在正選擇位點，經(jīng)驗貝葉斯方法(BE

3、B)檢測發(fā)現(xiàn)ZP3基因存在3個正選擇位點(364V、371S、372T)。模型M8樸素貝葉斯方法(NEB)檢測發(fā)現(xiàn)ZP3基因存在83個正選擇位點，其中有7個后驗概率顯著的正選擇位點（344Q、364V、371S、372T、374A、399T、401L， P＞0.95）;經(jīng)驗貝葉斯方法(BEB)檢測發(fā)現(xiàn)ZP3基因存在8個正選擇位點(344Q、364V、371S、372T、374A、399T、401L、402P)。這些氨基酸正選擇位點大部分

4、位于精卵特異性識別區(qū)域內(nèi)。
　　2.利用混合樣測序法在綿羊ZP3基因上共檢測到20個SNP位點，其中10個位于內(nèi)含子區(qū)域，10個位于外顯子區(qū)域。g.78T＞C、g.195G＞A、g.2293C＞T、g.7576C＞T是同義突變， g.259A＞C和g.7610G＞A是非同義突變。
　　3.檢測9個綿羊群體ZP3基因序列的差異，利用Lositan對綿羊群體ZP3的SNP位點進行種內(nèi)進化狀況的分析，結(jié)果表明平均分化系數(shù)為0.03

5、8，說明只有3.8％的的變異是由群體間產(chǎn)生的，97.2％的變異是由各群體內(nèi)產(chǎn)生的。只有g(shù).2046G＞A和g.7576C＞T受到了強烈的正選擇作用，其余位點處于中性選擇。
　　4.9個群體ZP3基因SNP位點的等位基因頻率與海拔進行關(guān)聯(lián)結(jié)果表明:g.7202A＞G的等位基因A與海拔顯著正相關(guān)，等位基因G與海拔顯著負相關(guān);g.9438G＞C的等位基因G與海拔顯著正相關(guān)，等位基因C與海拔顯著負相關(guān)?；蛐皖l率與海拔進行關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表

6、明:g.7179G＞T的GG基因型與海拔顯著正相關(guān)，GT基因型與海拔極顯著負相關(guān);g.7202A＞G的AA基因型與海拔顯著正相關(guān)，AG基因型與海拔極顯著負相關(guān);g.9438G＞C的GG基因型與海拔顯著正相關(guān)，GC基因型與海拔顯著負相關(guān)。
　　5.對湖羊群體SNP基因型、3個連鎖區(qū)塊的單倍型及雙倍型分別與湖羊第1和第2胎產(chǎn)羔數(shù)進行關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表明:位點g.328G＞A與第1胎產(chǎn)羔數(shù)顯著相關(guān)(P＜0.05)，基因型GA比GG的產(chǎn)羔數(shù)