乙型肝炎病毒C2、C1、B2基因型中SSR的比較分析.pdf

1、簡單重復序列(Simple sequence repeat，SSR)普遍存在于真核生物和原核生物的基因組序列中，以前SSR被認為是基因序列中的“junk DNA”，不具有生物學功能，然而，隨著研究的深入發(fā)現(xiàn)，SSR的突變率很高，且具有非常重要的生物功能，目前已發(fā)現(xiàn)的弗里德賴希共濟失調(diào)等20多種疾病均是由SSR在DNA序列中擴增造成的。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus，HBV)是目前已知的感染人類最小的雙鏈DNA病毒，它能

2、夠引發(fā)急慢性肝炎，同時也會顯著地提高肝硬化、細胞性肝癌等重癥肝病的發(fā)生率。HBV具有非常高的突變率，根據(jù)HBV-DNA的異質(zhì)性，將HBV分為八種基因型(A-H)和多種基因亞型，研究表明，不同的基因型/基因亞型在地理分布、致病性、DNA序列突變、對藥物治療反應等方面均存在差異性，目前發(fā)現(xiàn)C2基因亞型的致癌性最強，C1基因亞型次之，B2基因亞型再次之。HBV的基因型/基因亞型為研究SSR在基因序列中的變異、進化和功能提供了很好的條件。

3、>　　本論文以C2、C1、B2基因序列為材料，分析SSR在C2、C1、B2基因序列中分布的特點。結(jié)果顯示，四型SSR、五型SSR、六型SSR并沒有在分析的序列中出現(xiàn)，然而，一型SSR、二型SSR、三型SSR在每條分析的序列中均有出現(xiàn)，但其重復次數(shù)比較小和序列長度比較短，以上結(jié)果可能與HBV-DNA序列非常短和其突變率非常高有關；一型SSR(A)n和(T)n在序列中的含量遠比(G)n和(C)n在序列中的含量高；二型SSR(TG)n和(AC

4、)n在B2基因序列中的含量遠大于其在C2、C1中的含量，(CT)n是此三種基因序列中最普遍的二型SSR，(AG)n和(TA)n在C2、C1、B2基因序列的含量比較相似；總體上分析發(fā)現(xiàn)，與B2基因亞型相比，二型SSR在C2和C1中的分布更相似；(AGA)n和(CCT)n在基因序列中的含量最豐富，且其在各序列間的波動最小，除(AGA)n和(CCT)n外的其它的三型SSR在序列中的含量非常少且波動性較大。總體上，一型SSR在序列中的分布按照C