牛羊SSR分析及MHC進化機制研究.pdf

1、動物遺傳多樣性是動物遺傳育種的基礎(chǔ)，而DNA多態(tài)性在評估群體遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu)中起著重要作用。微衛(wèi)星（Simple Sequence Repeat，SSR）多態(tài)性豐富，被廣泛應用于評估動物群體的遺傳多樣性，所反映的群體遺傳結(jié)構(gòu)往往與各自地理分布和管理背景相一致。不同地理分布群體在環(huán)境適應性方面不盡相同，主要組織相容性復合物（Major Histocompatibility Complex，MHC）在動物適應性免疫中起主要作用。MH

2、C多樣性與動物疾病抗性密切相關(guān)，但MHC多樣性的形成與維持機制尚不清楚。
　　本研究收集了不同地理分布和管理背景的山羊、綿羊和牛共3個物種53個品種（群體）的1439個樣本，通過全基因組微衛(wèi)星標記（以下簡稱基因組SSR）和MHC區(qū)域微衛(wèi)星標記（以下簡稱MHC SSR）分析所有群體的遺傳多樣性，比較兩種水平所反映的群體遺傳差異，推測MHC可能存在的進化機制，為家畜在抗病育種和提高環(huán)境適應性研究中提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
　　本研究的主要

3、結(jié)果與結(jié)論如下：
　　1、通過分析山羊、綿羊和牛的群體遺傳多樣性，發(fā)現(xiàn)基因組SSR反映出的群體間遺傳關(guān)系與其地理分布及歷史起源基本一致。
　　2、通過分析山羊、綿羊和牛MHC SSR位點的遺傳參數(shù)，發(fā)現(xiàn)BM1258位點在3個物種內(nèi)均高度多態(tài)；BF1位點在牛和山羊群體中表現(xiàn)為中度多態(tài)，在綿羊群體中高度多態(tài)；DYMS1位點在山羊和綿羊群體中低度多態(tài)，在牛群體內(nèi)無多態(tài)性。
　　3、實驗中山羊、綿羊和牛群體共用的10個基因組

4、SSR位點中6個位點INRA063、SPS113、OarFCB48、TGLA53、OarFCB20、MAF70在所有群體中均高度多態(tài)，可作為評估3個物種的群體遺傳多樣性有效遺傳標記。
　　4、通過比較基因組SSR位點和MHC SSR位點在群體中的遺傳參數(shù)，發(fā)現(xiàn)MHC SSR位點在群體內(nèi)平均雜合度較低，據(jù)此推測雜合子優(yōu)勢在修飾MHC多態(tài)性中所起的作用可能比較微弱。
　　5、通過系統(tǒng)進化分析，發(fā)現(xiàn)基因組SSR水平我國引進的波爾山

5、羊群體與非洲坦桑尼亞地方山羊群體及波爾山羊群體聚為一支，而MHC SSR水平與我國當?shù)厣窖蛉后w聚為一支，據(jù)此推測MHC這類與免疫密切相關(guān)的遺傳標記不完全適用于研究群體歷史起源與進化關(guān)系。
　　6、本實驗通過對物種內(nèi)群體間遺傳分化分析，發(fā)現(xiàn)各群體 MHC SSR的 FST值高于基因組SSR，推測MHC區(qū)域進化中可能受到了波動選擇作用的影響，且MHC區(qū)域的稀有等位基因可能是群體在進化過程中根據(jù)所處環(huán)境中病原體的變化而新產(chǎn)生的等位基因。