果蠅中六個(gè)新的非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)及鑒定.pdf

1、非編碼RNA(non-codingRNA，ncRNA)是一類功能廣泛的RNA分子，近年來越來越引起人們的關(guān)注和重視。特別是，一些小分子非編碼RNA參與了細(xì)胞生命活動(dòng)的許多重要過程，行使十分復(fù)雜的生物學(xué)功能。在各種模式生物中發(fā)現(xiàn)和鑒定新的ncRNA，闡明其結(jié)構(gòu)和功能，對揭示細(xì)胞中基因表達(dá)的RNA調(diào)控具有重要意義。本論文采用計(jì)算機(jī)分析與分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)相結(jié)合的方法，對果蠅基因內(nèi)含子中的ncRNA進(jìn)行了研究。 采用計(jì)算機(jī)分析軟件VIST

2、A對模式生物黑腹果蠅(Drosophilamelanogaster)及其4個(gè)近緣種的基因組進(jìn)行分析，在核仁蛋白基因nop5的第1個(gè)內(nèi)含子中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的snoRNA基因。采用Northern、逆轉(zhuǎn)錄和cDNA序列測定等實(shí)驗(yàn)方法對該RNA分子的表達(dá)進(jìn)行了驗(yàn)證。在該snoRNA的Dbox上游有一段與28SrRNA互補(bǔ)、長度為10個(gè)核苷酸的功能序列，預(yù)測可指導(dǎo)28SrRNA上的C2673位的甲基化修飾，因此命名為Me28S-C2673snoR

3、NA。 采用VISTA程序進(jìn)一步對果蠅中具有與核酸或蛋白質(zhì)等分子相互作用即“Binding”功能的約2000個(gè)基因進(jìn)行多物種序列保守性分析，發(fā)現(xiàn)了一批內(nèi)含子保守區(qū)域。選擇13個(gè)內(nèi)含子保守序列，設(shè)計(jì)合成特異性探針，Northern雜交驗(yàn)證了5個(gè)新的ncRNA分子，其大小范圍在75到124個(gè)核苷酸之間。這5個(gè)ncRNA在果蠅卵、幼蟲、蛹、成蟲4個(gè)不同發(fā)育時(shí)期均有表達(dá)，其中cg4383-2-3在果蠅卵發(fā)育時(shí)期的表達(dá)量明顯高于其它三個(gè)時(shí)