多數(shù)據(jù)庫聯(lián)合分析卵巢癌轉(zhuǎn)移相關(guān)基因.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:高級別漿液性卵巢癌（high-grade serous carcinomas，HGSC）不僅在臨床表現(xiàn)上呈現(xiàn)高度的異質(zhì)性，在分子水平也是如此，因此本文從公共數(shù)據(jù)庫分析入手，找到并驗證卵巢癌轉(zhuǎn)移相關(guān)基因。
　　方法:用R語言分析已共享的HGSC的表達譜芯片，分析出轉(zhuǎn)移灶相對于原位灶的差異基因；采用Bioconductor中的curatedOvarianData包，對全基因組每個基因進行meta分析，獲得該基因與無進展生存（PF

2、S）的HR值及其p值；將芯片分析的差異基因和meta分析的結(jié)果合并后，按照綜合效應(yīng)得出了候選基因，并在臨床標(biāo)本上驗證。
　　結(jié)果:表達譜芯片GSE2109共有222例，剔除掉非HGSC后剩余124例，在R語言中通過質(zhì)控剔除不合格芯片后剩余90例。其中HGSC原位灶共62例，網(wǎng)膜轉(zhuǎn)移灶共28例。采用gcrma方式標(biāo)準(zhǔn)化后，本文用SAM檢驗得到差異基因若干。通過R語言包curatedOvarianData篩選出7個包含PFS臨床信息的

3、數(shù)據(jù)集，并用meta分析獲得全部基因?qū)FS的風(fēng)險比（Hazard Ratio，HR）值及其p值。將差異基因和GeneMeta的結(jié)果綜合分析后，得到了在原位和轉(zhuǎn)移灶差異表達且與臨床預(yù)后相關(guān)的基因，且這兩種數(shù)據(jù)具有很好的線性關(guān)系。這些基因的top100通過pathway分析確認(rèn)其主要富集在轉(zhuǎn)移相關(guān)通路。取前12的基因設(shè)計引物后在本院臨床標(biāo)本中進行驗證，所得結(jié)論與前述相符。
　　結(jié)論:采用生物信息學(xué)加臨床驗證的方式挑選出的轉(zhuǎn)移相關(guān)基因

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