應(yīng)用ABEEM σπ-MM方法計(jì)算小分子肽及二肽分子不同構(gòu)象的總能量.pdf

1、生物體中的肽具有極其重要的生理功能，在細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮一定的生物活性，因此研究肽的性質(zhì)是非常必要的。本文研究了小分子肽及二肽分子不同構(gòu)象的總能量。
　　 本文把原子—鍵電負(fù)性均衡方法(ABEEMσπ)和分子力場(MM)結(jié)合在一起，采用ABEEMσπ/MM方法的分子總能量計(jì)算方法，計(jì)算小分子肽及二肽分子不同構(gòu)象的總能量。首先，通過計(jì)算模型分子的總能量調(diào)節(jié)不同類型的原子價(jià)態(tài)能量參數(shù)，進(jìn)而計(jì)算小分子肽的總能量。把所得的分子總能量結(jié)果與從頭算

2、(MP2/6—311++G(d，p))方法計(jì)算的結(jié)果相比，得出小分子肽總能量的絕對偏差小于9．0000 kcal/mol，相對偏差小于19．0000×10—6，且均方根偏差3．4500 kcal/mol，相對均方根偏差6．9190×10—6西。其次，又對二肽分子不同構(gòu)象的總能量進(jìn)行了計(jì)算，所得的分子總能量結(jié)果與從頭算(MP2/6—311++G(d，p))方法計(jì)算的結(jié)果相比，得出二肽分子不同構(gòu)象總能量的絕對偏差小于2．0000 kcal/

3、mol，相對偏差小于4．0000×10—6，且均方根偏差1．0647 kcal/mol，相對均方根偏差2．7016×10—6。以上結(jié)果表明，ABEEMσπ/MM方法計(jì)算的分子總能量結(jié)果與從頭算(MP2/6—311++G(d，p))方法計(jì)算的結(jié)果具有較好的一致性，同時(shí)，也說明所調(diào)的原子價(jià)態(tài)能量參數(shù)具有很好的可轉(zhuǎn)移性。此外，應(yīng)用ABEEMσπ/MM方法計(jì)算分子總能量遠(yuǎn)遠(yuǎn)快于從頭算(MP2/6．311++G(d，p))方法。這些工作為以后計(jì)算