MM-PBSA方法計算抗原短肽與HLA-A-0201分子結(jié)合自由能.pdf

1、以CTL(cytotoxic T cell)表位為基礎(chǔ)制備表位疫苗，是目前對惡性腫瘤等影響人類健康的重要疾病進(jìn)行免疫治療的重要方法之一。在細(xì)胞免疫的內(nèi)源性抗原提呈過程中，含有CTL表位的抗原需要首先與主要組織相容性復(fù)合體(major histocompatibilitycomplex，MHC)Ⅰ類分子結(jié)合才能被提呈到靶細(xì)胞表面，從而有機(jī)會被CTL細(xì)胞識別。因此，研究MHCⅠ類分子與抗原短肽的結(jié)合作用對CTL表位的鑒定具有重要意義。

2、>　　人類的MHC分子稱為HLA分子，其中HLAⅠ類分子按基因編碼位點的不同可分為HLA-A，HLA-B和HLA-C。研究表明，在HLA-A類分子中，HLA-A*0201型別在各人種中具有最廣泛的分布。因此，鑒定HLA-A*0201分子的CTL限制表位對各人種的腫瘤等疾病的免疫治療有重要作用。
　　本文選擇HLA-A*0201分子和抗原結(jié)合肽（序列為LLFGYPVYV）分別作為蛋白質(zhì)結(jié)合作用的受體與配體，計算二者的結(jié)合自由能。首先

3、，使用分子動力學(xué)(moleculardynamics, MD)結(jié)合MM/PBSA(molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface areacontinuum solvation)方法對結(jié)合過程進(jìn)行模擬，得到受體與配體間的結(jié)合自由能為-157.84kJ·mol-1，與實驗值的相對誤差為13.94％。為了提高使用MM/PBSA方法計算結(jié)合自由能的準(zhǔn)確度，使用QM/MM(quantum mechan