臨床微生物檢測(cè)的基因同源性分析

1、臨床微生物床微生物檢測(cè)檢測(cè)的基因同源性分析的基因同源性分析醫(yī)院感染的流行病學(xué)研究是臨床微生物學(xué)工作者的重要課題，在醫(yī)院感染監(jiān)測(cè)的研究中，一個(gè)很重要的問(wèn)題就是如何確定感染途徑和傳播途徑，以采取有效預(yù)防和控制措施，從而防止醫(yī)院感染或者暴發(fā)流行，因此對(duì)微生物鑒定和菌株同源性分析提出了更高的要求。目前，傳統(tǒng)的細(xì)菌鑒定和同源性分析技術(shù)已不能很好地滿(mǎn)足醫(yī)院感染診斷和流行病學(xué)調(diào)查的需要，從型、亞型、株，甚至分子水平上去認(rèn)識(shí)細(xì)菌變得愈來(lái)愈重要了。近年來(lái)

2、分子生物學(xué)的理論和技術(shù)在細(xì)菌感染診斷中的滲透和廣泛應(yīng)用，使得細(xì)菌鑒定、耐藥基因的檢測(cè)、分子流行病學(xué)調(diào)查變得更加準(zhǔn)確、簡(jiǎn)潔和快速。細(xì)菌DNA同源性分析技術(shù)如脈沖場(chǎng)凝膠電泳、聚合酶鏈反應(yīng)、DNA探針雜交以及序列分析等方法是目前在分子水平上分析細(xì)菌的主要手段，它在鑒定細(xì)菌感染的爆發(fā)、確定院內(nèi)交叉感染、感染病原菌之間的基因同源性等方面有著重要的作用，本文將對(duì)常用基因同源性分析方法的機(jī)理和過(guò)程做簡(jiǎn)要綜述。一、質(zhì)粒分型(Plasprofileass

3、ay)：1、原理：質(zhì)粒是可移動(dòng)的染色體外元件，可以自發(fā)丟失或者被宿主穩(wěn)定地獲得，因此流行病學(xué)上相關(guān)的分離菌株有可能表現(xiàn)出不同的質(zhì)粒圖譜。把質(zhì)粒提取出來(lái)，進(jìn)行常規(guī)的瓊脂糖電泳分析，就可以知道分離菌株攜帶質(zhì)粒的大小和數(shù)目。2、實(shí)驗(yàn)過(guò)程：a.質(zhì)粒抽提；b.0.8%瓊脂糖電泳；c.EB染色、凝膠成像。3、實(shí)驗(yàn)方法的評(píng)價(jià)：優(yōu)勢(shì)：a.步驟比較簡(jiǎn)單，對(duì)實(shí)驗(yàn)儀器要求不高。能會(huì)重疊。b.REA圖譜分析復(fù)雜。c.分辨力不高。三、染色體DNA的脈沖場(chǎng)凝膠電泳

4、(PulsedFieldGelEelectrophesisPFGE)1、原理：用識(shí)別位點(diǎn)相對(duì)多的酶進(jìn)行REA的一個(gè)重要的局限性，是分析那些大量的、重疊的、分辨力較差的限制性酶切片段構(gòu)成的圖譜相當(dāng)困難。如果用限制性位點(diǎn)相對(duì)少的酶消化細(xì)菌的基因組，那么就可以得到數(shù)量相當(dāng)少但更大的限制性片段，這樣在電泳中，穿過(guò)瓊脂糖的電場(chǎng)作周期性的改變，就可以產(chǎn)生一個(gè)有520條清晰的分辨較好的圖譜。2、實(shí)驗(yàn)流程：a.染色體DNA抽提；b.限制性?xún)?nèi)切酶消化DN

5、A（主要是XbaI）；c.凝膠電泳(脈沖場(chǎng)；d.EB染色、凝膠成像；e.軟件分析。3、實(shí)驗(yàn)方法的評(píng)價(jià)：優(yōu)勢(shì)：a.PFGE方法的分辨力和可重復(fù)性都很高，b.PFGE方法是腸球菌腸桿菌和葡萄球菌基因分型的金標(biāo)準(zhǔn)。缺點(diǎn)：a.必須使所有的酶和緩沖液都能浸透凝膠塊，準(zhǔn)備合適的DNA樣品需要延長(zhǎng)培育時(shí)間。近來(lái)也有報(bào)道葡萄球菌和腸球菌可以用相當(dāng)短的時(shí)間來(lái)進(jìn)行PFGE分析。b.需要昂貴的專(zhuān)業(yè)設(shè)備。四、核糖體分型（Ribotyping）1、原理：核糖體操