第二章、英文數(shù)據(jù)庫

1、第四章、英文數(shù)據(jù)庫,一、文摘數(shù)據(jù)庫：Pubmed、 Highwire—自學二、全文數(shù)據(jù)庫：OVID —自學,有三種版本：印刷版——Index Medicus 簡稱（IM） 光盤版——MEDLINE數(shù)據(jù)庫網(wǎng)絡版——PubMed檢索系統(tǒng),一、美國《醫(yī)學索引》（參見教材P144-154）,美國《醫(yī)學索引》印刷版 Inde

2、x Medicus 簡稱IM，是美國國立醫(yī)學圖書館編輯出版的、世界上最負盛名的醫(yī)學文獻檢索工具。包括題錄,文摘及部分全文。學科覆蓋 基礎醫(yī)學 臨床醫(yī)學 職業(yè)衛(wèi)生 護理學 衛(wèi)生管理 衛(wèi)生保健 營養(yǎng)衛(wèi)生 齒科學 環(huán)境醫(yī)學 情報學 藥理

3、和藥劑學 獸醫(yī)學,美國《醫(yī)學索引》的光盤版MEDLINE數(shù)據(jù)庫 是當前國際上最具權(quán)威性的生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫。,特點： 1、報道的文獻量大、質(zhì)量高 國家: 70多個 語種: 40多種 期刊: 4700多種 文獻: 年報道量40多萬篇 英文發(fā)表量: 88% 英文文摘量: 75% 我國被收期刊: 50多種

4、 可檢索年限為: 1946年至今,2、標引的質(zhì)量高、檢索效果好： 它的編撰隊伍由醫(yī)學專家和圖書館學專家組成， 有一部完善的主題詞表，能保證較高的檢全率和 檢準率，其標引質(zhì)量之高堪稱現(xiàn)代檢索工具的典范。,美國《醫(yī)學索引》的網(wǎng)絡版PubMed數(shù)據(jù)庫 是MEDLINE數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)上免費檢索系統(tǒng)，它是由美國國立醫(yī)學圖書館（National Library o

5、f Medicine，NLM ）所屬的美國生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）開發(fā)研制的網(wǎng)絡文獻檢索系統(tǒng)。并有許多期刊出版商參與共建。,PubMed特點,1、資源豐富。 （1）Medline數(shù)據(jù)庫 ---[PubMed] （2）Premedline數(shù)據(jù)庫 --- [PubMed - in process] （3）出版商

6、提供的電子文獻---[PubMed - as supplied by publisher] （4）NCBI其它數(shù)據(jù)庫的相關(guān)記錄 （5）收錄5600多種期刊，年新增60余萬條文獻，可檢索年限為1865年 至今。2、提供多種檢索方式。3、為檢索結(jié)果提供多種的顯示格式和保存方式。4、LinkOut功能可以鏈接免費的全文期刊。5、報道速度比MEDLINE更快，內(nèi)容更新。,Medli

7、ne數(shù)據(jù)庫,Premedline數(shù)據(jù)庫,由出版商提供的檢索記錄,PMID---Pubmed identifier本條數(shù)據(jù)在數(shù)據(jù)庫中的唯一標識號,此類文獻早于印刷版,,常用資源,,NCBI數(shù)據(jù)庫平臺http://www.ncbi.nlm.nih.gov,提交,研究,發(fā)展,分析,下載,幫助,,資源分類,通知,包含的子庫,NCBI介紹,,,生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫,免費期刊全文文獻,NLM收錄的圖書、期刊等目錄,在線生物醫(yī)學圖書,Pubmed的

8、主題索引,臨床療效，疾病和藥品報告,醫(yī)學遺傳學文獻及鏈接,基因檢測注冊表,基因型和表型研究,孟德爾人類遺傳數(shù)據(jù)庫,基因測試序列記錄庫,核酸序列數(shù)據(jù)庫,基因組數(shù)據(jù),基因,蛋白質(zhì),結(jié)構(gòu),蛋白質(zhì)序列,族姓蛋白質(zhì),進入了完整的數(shù)據(jù)庫群平臺,,,點擊數(shù)字可進入相應數(shù)據(jù)庫的結(jié)果頁面,跨庫檢索,mers,,相關(guān)新聞提示,Pubmed檢索結(jié)果頁面,,,,入口1入口2,檢索框空白,Pubmed數(shù)據(jù)庫進入,Pubmed首頁,,檢索區(qū),,專項檢索區(qū)

9、,,相關(guān)數(shù)據(jù)庫,,使用幫助,檢索方式,1、簡單檢索2、高級檢索3、主題檢索4、作者檢索—自學5、期刊檢索—自學6、刊物信息檢索—自學7、單篇引文匹配器檢索—自學8、臨床研究檢索—自學（生、藥、口專業(yè)可不學）,1、簡單檢索---直接輸入檢索詞（式）檢索,,4,Aids注：此處支持布爾邏輯檢索,顯示格式:默認格式為 Summary格式，每頁顯示20條記錄，按最近加入系統(tǒng)的日期排序,結(jié)果總數(shù),篇名字段,作者字段,刊名及刊期字段

10、,條目識別號PMID,檢索結(jié)果顯示頁面,檢索結(jié)果按年份柱狀圖,限定條件,,文獻內(nèi)容類型,文本類型,檢索范圍,出版時間,物種類型,Show additional filters更多限定條件（檢索字段、年齡、語種等限定）,檢索結(jié)果格式設置,題錄格式題錄文本文摘格式文摘文本MedlineXML格式PMID列表,格式,每頁顯示結(jié)果數(shù),排序方式,,最近添加相關(guān)度出版日期第一作者最后一個作者期刊名稱題名/篇名,設置格式為

11、：Abstract, 5 per page,題名,作者,作者單位、地址、電子郵箱,刊名，刊期,abstract文摘,Keywords關(guān)鍵詞,Abstract 比Summary格式多了作者單位、地址、郵箱、文摘、關(guān)鍵詞、全文圖標等字段,Medline格式,字段縮寫，全稱對應見教材P147,,此格式的特點是:字段分解的特別詳細,檢索標識豐富，每個字段都是一個信息點。,檢索結(jié)果保存方式,Send to

12、結(jié)果保存,文檔txt我的ncbi訂購下載到文件管理系統(tǒng),剪貼板電子郵件我的目錄,1、建立自己的NCBI空間，需要進行注冊。點擊右上 角的 Sign in to NCBI，在打開的頁面注冊即可。 可用來保存檢索式，定期跟蹤最新研究內(nèi)容。2、剪貼板可保存500條記錄，8小時候自動清除。,,注冊,Link Out---鏈接功能,,提供全文鏈接、其它庫的鏈接,檢索原理,系統(tǒng)將檢索詞在主題詞表、刊名轉(zhuǎn)換表、作者轉(zhuǎn)換表間

13、進行自動轉(zhuǎn)換，然后檢索。,,aids,,Search details具體檢索式： "acquired immunodeficiency syndrome"[MeSH Terms] OR ("acquired"[All Fields] AND "immunodeficiency"[All Fields] AND "syndrome"[All Fields])

14、 OR "acquired immunodeficiency syndrome"[All Fields] OR "aids"[All Fields],2、高級檢索---Advanced,,,點擊進入,檢索輸入框,檢索字段,標引詞匯列表,邏輯運算符,檢索歷史,Add to history預檢索,檢索式編號,添加進檢索框,之前的檢索式,檢索結(jié)果數(shù)量,檢索時間,增加/減少檢索框,,標引詞匯列表：可

15、以根據(jù)提示及檢索結(jié)果數(shù)量，直接選擇檢索內(nèi)容,Show index list,heart,顯示前200個與heart相關(guān)的檢索內(nèi)容及文獻數(shù)量,Heart(1064172),例：檢索2015年在《Journal of clinical imaging science》期刊上發(fā)表的題名中含有磁共振成像的文獻。,分析題目：◇檢索點：出版時間---2015年 期刊名稱---Journal of clinical i

16、maging science 題名----MRI OR Magnetic Resonance Imaging◇邏輯關(guān)系: AND，同時含有所有點◇檢索方法：用高級檢索方式， ①檢索題名中含有磁共振成像的文獻， ②再分別輸入出版時間、期刊名稱及 history中

17、 磁共振成像的檢索式， ③然后完成檢索。,預檢索,,出版時間(Date-publication),期刊名稱(Journal),題名（title）,,邏輯關(guān)系,,8篇，點擊進入結(jié)果頁面,MRI Magnetic Resonance Imaging,,,,邏輯關(guān)系,,免費全文,,高級檢索特點,※可以從標引詞匯列表中選擇檢索詞。※可以進行預檢索，

18、根據(jù)檢索結(jié)果數(shù)量，再調(diào)整檢索式直到結(jié)果滿意為止。※復雜檢索時，可以通過先單個檢索，再組合形成完整的檢索式進行檢索的方式。,3、主題檢索,,,,入口1 2,,,主題檢索是將檢索詞轉(zhuǎn)換為系統(tǒng)標引的主題詞進行的檢索。保證較高的查全率和查準率。省時省力。,使用指南,更多資源,主題詞檢索與自由詞檢索的區(qū)別,腎衰竭/腎衰-----------------腎功能衰竭 自由詞

19、 主題詞阿爾茨海默病/老年癡呆/AD-----阿爾茨海默病 自由詞 主題詞 用主題詞檢索可以一次完成所有自由詞的檢索， 而用自由詞則要分多次才能完成整個檢索。,,NLM MeSH Homepage主題詞庫首頁,進入主題詞檢索頁面的步驟,,MeSH Browser主題詞瀏覽,MeSH Browser主題詞檢索頁面,主題詞字段Main

20、Heading Terms,副主題詞字段,補充概念字段,所有字段,Mesh數(shù)據(jù)庫的標識碼,化學物質(zhì)檢索限定如下字段,注釋中自由詞,方法二：直接輸入檢索詞,方法一：樹狀導航,包含檢索詞中任一詞,包含所有詞,精確檢索,方法一、樹狀結(jié)構(gòu)導航,解剖,有機體,疾病,化學品與藥物,地理,出版特征,衛(wèi)生保健,命名群組,信息科學,人文科學,科技、工業(yè)、農(nóng)業(yè),人類學、教育、社會學與社會現(xiàn)象,學科與職業(yè),現(xiàn)象與操作,精神病學與心理學,分析、診斷、治療技

21、術(shù)與設備,,例：查找乳腺癌的主題詞,,,Neoplasms[C04]+腫瘤,樹狀結(jié)構(gòu)號，標示該詞在樹狀結(jié)構(gòu)中的位置,,,Breast Neoplasms乳腺癌,,Neoplasms by Site腫瘤按部位分,Neoplasms[C04]+腫瘤,,Neoplasms by Site主題詞,,下位詞,,同位詞,,上位詞,方法二、輸入檢索例：檢索糖尿病的主題詞 （diabetes、diabetic、diabetes mellitu

22、s）,,,,如果輸入一個檢索詞檢索后，出現(xiàn)此類頁面，說明輸入的檢索詞不是該主題詞的入口詞。解決方法：1、更換其他的檢索詞重新檢索；2、直接從此列表中辨別。,,,,,,,出現(xiàn)此表格頁面，說明找到了檢索內(nèi)容的主題詞。,Diabetes Mellitus 糖尿病的主題詞,樹狀結(jié)構(gòu)號,注釋,范圍說明,入口詞,副主題詞縮寫,Mesh標識碼,組合輸入,標引時間,例：檢索2009-2012年發(fā)表的題名或文摘中含有糖尿病的藥物治療方面的綜述文獻

23、。,分析題目：1、檢索點：出版時間：2009-2012年 檢索主題：糖尿病的藥物治療 檢索字段：題名或文摘（title/abstract） 文獻類型：綜述（review）2、檢索方法：主題檢索，先確定糖尿病的主題 詞，再選擇副主題詞“藥物治療”，

24、 檢索文獻，最后限定條件再進行檢索。,把確定好的主題詞復制粘貼到Mesh框中,,系統(tǒng)中有60個相關(guān)主題詞或副主題詞,,,,糖尿病的主題詞頁面,,副主題詞，用來限定主題詞，縮小檢索范圍,2、形成檢索式(主題詞/副主題詞)后，再點擊第二個按鈕Search Pubmed,Search Pubmed,檢索式："Diabetes Mellitus/drug therapy"[Mesh]格式：主題詞 / 副主題詞

25、,1、選擇所需副主題詞,然后點擊右側(cè)第一個按鈕Add to search builder,Drug therapy,Add to search builder,,檢索式,Pubmed中關(guān)于糖尿病的藥物治療的文獻數(shù),選擇條件，進一步縮小范圍,,,,,,,限定條件,結(jié)果數(shù)量2792條,2009-2012年發(fā)表的題名或文摘中含有糖尿病的藥物治療方面的綜述文獻,三種檢索方式對比：例題的簡單檢索,結(jié)果數(shù)量488條,檢索式： (diabete

26、s and drug therapy) or (diabetic and drug therapy) or (diabetes mellitus and drug therapy),主題檢索結(jié)果2792條,高級檢索diabetes、diabetic、diabetes mellitus,,選擇檢索字段Title/Abstract,,,選擇Title/Abstract，輸入drug therapy,,將單個檢索式組合起來,點擊檢索式前

27、邊的Add將檢索式添加到框中,,,,,結(jié)果數(shù)量98條,主題檢索結(jié)果2792條,簡單檢索、高級檢索、主題檢索比較,簡單檢索，使用方便，但查全查準率低。高級檢索，適合復雜問題的檢索，可以通過單個檢索式組合的方式完成復雜問題的檢索，且可以進行預檢索，根據(jù)結(jié)果數(shù)量調(diào)整檢索式。主題檢索，過程略顯復雜，但可程序化操作，熟練后也可以快速完成復雜問題的檢索，較其它兩種檢索方式省時、省力。查全率、查準率最高。,例：檢索2010年以來有關(guān)肥胖導致糖尿

28、病的文獻,分析課題：◇檢索點：出版時間---2010年至今 檢索內(nèi)容----糖尿病的病因、肥胖◇邏輯關(guān)系: AND，同時含有所有點◇檢索步驟： ① 用主題檢索先確定糖尿病、肥胖的主題詞； ②分別檢索有關(guān)糖尿病病因的文獻、肥胖的文獻。 ③高級檢索中的history功能把兩個檢索式組配起來檢索。,,確定主題詞 肥胖：fat、obesity,,,,出現(xiàn)此頁面，說明fat

29、不是入口詞,,,,主題詞：obesity,糖尿病主題詞 diabetes mellitus找副主題詞—病因，然后組成檢索式檢索,,,,,,檢索式,,關(guān)于糖尿病的病因方面的文章,,檢索關(guān)于肥胖的文獻,,,,,因其沒有副主題詞，故不用選副主題詞,關(guān)于肥胖方面的文章,,,點擊Advanced,到高級檢索組配最終的檢索式,,剛才的檢索,,,,,,組配最終的檢索式,2010年以來有關(guān)肥胖導致糖尿病的文獻,免費獲取全文的方法,可利用學校購買的數(shù)

30、據(jù)資源，在校園網(wǎng)內(nèi)免費下載；如果數(shù)據(jù)庫中未購買的文獻，可使用讀秀、百鏈搜索進行原文傳遞；若不能使用學校資源，可到“圖書館”網(wǎng)站中“讀者指南”中下載“文獻傳遞申請單”，填寫文獻篇名、作者、出處等文獻詳細信息發(fā)送email到84207104@qq.com，圖書館來代為文獻傳遞。,課堂總結(jié),數(shù)據(jù)庫的定義及類型中文數(shù)據(jù)庫：CNKI、SINOMED數(shù)據(jù)庫的 各種檢索方法及功能

31、英文數(shù)據(jù)庫：Pubmed的檢索利用,作 業(yè),每個班按學號分3個小組，分別編號1-9/12完成編號對應的題目要求： 根據(jù)題目適當舉例完成本組題目的講解，將解題過程制作成PPT，下次課分組匯報（隨機選擇匯報人），限時5分鐘/組。 PPT中先講明本組的題目，然后開始講解題過程。 老師進行評分，計入平時成績。,1、萬方數(shù)據(jù)庫的高級檢索。2、highwire數(shù)據(jù)庫的檢索介紹。3、萬方數(shù)據(jù)庫的期刊檢索。4、萬