基于核糖體基因水平的我國大陸石磺科貝類分類和系統(tǒng)發(fā)育初步研究.pdf

1、石磺科（Onchidiidae）屬于屬軟體動物門（Mollusca）、腹足綱（Gastropoda）、肺螺類（Pulmonata）、縮眼目（Systellommatophora）、石磺超科（Onchidioidea），廣泛分布于熱帶、亞熱帶的潮間帶、河口紅樹林區(qū)。在我國主要分布在南海、東海及黃海南部潮間帶。石磺科作為海淡水交匯區(qū)的過渡種，是研究軟體動物由海洋到陸地進化過程的重要模式種。石磺科的種類及分類狀況對研究我國大陸石磺科資源的保護

2、、開發(fā)有重要的意義。本研究采集大陸沿海5地共9個群體的石磺科貝類，首先以形態(tài)學分析方法將其進行初步分類，以rRNA中18S、28S部分序列和ITS2序列對分類情況進行驗證并對各種屬問親緣關系進行分析，以探討我國沿海石磺科內(nèi)屬、種的分類地位和系統(tǒng)發(fā)育關系，為研究石磺科貝類的分類、分子生物學奠定基礎，為石磺科貝類資源的研究、開發(fā)、利用提供資料。實驗結果表明： （一）形態(tài)學分析及初步分類采集樣品并記錄了主要分類學形態(tài)特征：身體顏色、腸

3、式、樹枝狀鰓有無、戀矢分叉情況、陰莖附屬腺的有無和直腸腺的有無。根據(jù)以上形態(tài)特征所得數(shù)據(jù)，結合英國學者Britton（1984）對我國香港地區(qū)所采集石磺的分類研究資料，將我國大陸沿海石磺科9個群體分為4屬7種，其中己知種2種，瘤背石磺Onchidiumstruma（即JZH）和石磺（海南藍紫和福建藍紫）Peroniaverruculata（即HNZ和FJZ）；其余5種為中國大陸新記錄種，初步命名為：（海南軟紅和福建軟紅）Paraonci

4、diumsp.（即HNR和FJR）、（海南腹足桔黃）Onchidiumsp.（HNJ）、（海南桔黃體硬）Onchidiumsp.（HNY）、（海南硬黑）Platevindexsp.（HNH）、（福建硬黑）Platevindexsp.（FJH）。 （二）基于18SrRNA、28SrRNA和ITS2序列系統(tǒng)發(fā)育分析利用BioEdit7.01、MEGA4.0、DnaSP4.0等軟件，對18SrRNA、28SrRNA和ITS2進行同源序

5、列分析，以菊花螺為外類群，結合GenBank上石磺科rRNA基因序列構建系統(tǒng)發(fā)生樹，以驗證根據(jù)形態(tài)特征對我國大陸沿海石磺科貝類所做的初步分類結果，探討我國大陸沿海石磺科各屬種間的親緣關系。18SrRNA、28SrRNA和ITS2序列所做的系統(tǒng)發(fā)生樹與形態(tài)分析結果一致，HNZ和FJZ、HNR和FJR分別為一個種Peroniaverruculata、Paraoncidiumsp.。同時，三個基因所做系統(tǒng)發(fā)生樹支持將海南石磺Onchidium

6、sp.（HNJ）、海南石磺Onchidiumsp.（HNY）和瘤背石磺（Onchidiumstruma）（JZH）同歸于Onchidium屬。關于Platevindex屬的2個群體（海南石磺Platevindexsp.（HNH）和福建石磺Platevindexsp.（FJH））的分類上，分子系統(tǒng)學分析結果與傳統(tǒng)的形態(tài)分類結果產(chǎn)生差異，分子系統(tǒng)學分析內(nèi)部也是不一致的，18S基因序列所做系統(tǒng)發(fā)生樹顯示：海南群體Platevindexsp。（

7、HNH）與Paraoncidium屬較為相近，福建群體Platevindexsp.（FJH）與Onchidium屬較為相近。28S序列缺失海南群體Platevindexsp.（HNH）數(shù)據(jù)，所作系統(tǒng)分析樹也顯示福建群體Platevindexsp.（FJH）與Onchidium屬較為相近。但ITS2序列分析發(fā)現(xiàn)Platevindex屬2群體有相同的單倍型，在系統(tǒng)發(fā)育樹上交叉分布，親緣關系較近。 3種基因序列所構建系統(tǒng)發(fā)生樹都顯示：

8、 1.Peronia屬與Paraoncidium屬的親緣關系較為相近。 2.Platevindex屬與Onchidium屬關系比較近，其中海南石磺Onchidiumsp。（HNY）和瘤背石磺（Onchidiumstruma）（JZH）親緣關系最近，福建石磺Platevindexsp.（FJH）與Onchidium屬的海南石磺Onchidiumsp.（HNJ）親緣關系較近。 3.3種基因序列所構建系統(tǒng)發(fā)生樹在Pla

9、tevindex屬2種與其他屬種的親緣關系上產(chǎn)生分歧。但是，它們共同點是在所有系統(tǒng)發(fā)生樹中，此2種與其他屬種聚合時的置信度都比較低。 （三）其他分子生物學信息在28S基因序列分析中，發(fā)現(xiàn)瘤背石磺（Onchidiumstruma）（JZH）的28S基因有兩種情況的較長基因片段缺失。在25個個體中，24個個體在165bp-555bp片段，缺失390bp的序列；1個個體在456bp-518bp片段，缺失62bp長度的序列，兩種情況的總