鮑核糖體RNA基因序列與結(jié)構(gòu)研究.pdf

1、核糖體RNA基因是由18S、5.8S、28S及其間隔區(qū)序列首尾相連組成的串聯(lián)重復(fù)序列,具有變異穩(wěn)定,保守性高等特點(diǎn),是分類學(xué)及系統(tǒng)發(fā)育學(xué)研究的重要工具。由于核糖體RNA基因?qū)儆谥貜?fù)序列,其拷貝數(shù)多樣性也是系統(tǒng)進(jìn)化研究的重要內(nèi)容。鮑是我國重要的海水養(yǎng)殖貝類,分布廣泛。有關(guān)鮑的分類和進(jìn)化研究已有諸多報(bào)道,但是在我國鮑養(yǎng)殖過程中仍存在種質(zhì)混亂等問題,關(guān)于其分類與命名有多種不同的觀點(diǎn)。本文以皺紋盤鮑、西氏鮑、雜色鮑、耳鮑以及羊鮑為研究對象,采用

2、同源克隆策略對其核糖體RNA基因序列進(jìn)行克隆,并進(jìn)行序列分析;利用熒光定量PCR技術(shù),對皺紋盤鮑rRNA基因拷貝數(shù)進(jìn)行測定。主要結(jié)果如下:
　　 1、通過對NCBI數(shù)據(jù)庫中的序列進(jìn)行比對與分析,設(shè)計(jì)了針對鮑核糖體RNA基因中變異度較高的內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)特異性引物,克隆得到了皺紋盤鮑、西氏鮑、雜色鮑、耳鮑、羊鮑以及外群史氏背尖貝核糖體RNA基因轉(zhuǎn)錄單元中內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)即ITS的核苷酸序列(ITS1-5.8S-ITS2)。通過序列分析發(fā)現(xiàn)

3、,ITS1序列長度約為200-300 bp,而ITS2序列長度在300 bp左右。該研究方法可以用于其他鮑核糖體RNA基因序列的測定,為后續(xù)研究提供了有力工具。
　　 .2、對皺紋盤鮑、西氏鮑、雜色鮑、耳鮑以及羊鮑的核糖體RNA基因進(jìn)行序列信息、遺傳距離及系統(tǒng)發(fā)育樹進(jìn)行分析結(jié)果表明,皺紋盤鮑與西氏鮑的親緣關(guān)系較近,雜色鮑與羊鮑的親緣關(guān)系較近。這與它們的形態(tài)特征及自然分布結(jié)果相吻合。其中皺紋盤鮑及西氏鮑屬于冷水性種類,而雜色鮑、羊

4、鮑屬于暖水性種類,生存環(huán)境的長期不同為它們提供了不同的選擇壓力,可能導(dǎo)致某些基因的進(jìn)化方向出現(xiàn)不同。說明核糖體RNA基因序列可以作為鮑系統(tǒng)進(jìn)化分析的一個(gè)重要工具。
　　 3、基于SYBR Green熒光染料的實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù),以β-actin為內(nèi)參通過絕對定量方法對皺紋盤鮑的核糖體RNA基因拷貝數(shù)進(jìn)行了測定。通過一系列分析評價(jià)顯示,所建立的方法具有良好的準(zhǔn)確性和可靠性,并依靠該方法對皺紋盤鮑的核糖體RNA基因拷貝數(shù)進(jìn)行了測